攝取足量的正確脂肪對改善自體免疫疾病是很重要的關鍵。食用脂肪對脂溶性維生素的攝取和吸收十分重要，這些全都為免疫系統的正常運作所必需。
維持omega-6與omega-3脂肪酸的理想比例
那麼，哪些必需脂肪酸對自體免疫疾病很重要呢？西式飲食中的omega-3脂肪酸令人難以置信的不足。理想的omega-6與omega-3脂肪酸比例在一比一到四比一之間，但是在典型的西式飲食中，這個比例會高達十比一到二十五比一！這泰半要歸因於加工過的種子油、穀類和含有較高omega-6比例之穀飼動物的肉和奶製品──許多發炎性慢性疾病其實與近數十年間過量攝取omega-6脂肪酸有關。
儘管相對於omega-3脂肪酸，omega-6脂肪酸的過量攝取確實會引起發炎反應和相當多種慢性疾病，但omega-6對生命還是很重要的，尤其是花生四烯酸（身體代謝亞麻油酸的產物），它是所有細胞細胞膜的重要構成要素──雖然花生四烯酸也是一種重要的促炎性中介物質（控制或活化其他細胞功能的化合物，用做訊號或指令），但其影響並非普遍都是發炎性的（花生四烯酸會增加某些細胞激素同時減少其他的）。因此，控制發炎反應並不是要完全排除omega-6脂肪酸──重點在於平衡，維持正確的比例。
可惜的是，Omega-3脂肪酸在西式飲食中很容易缺乏。身體主要能加以利用的omega-3有兩種──長鏈之二十碳五烯酸（EPA），還有超長鏈之二十二碳六烯酸（DHA），這兩種omega-3脂肪酸都能被身體由較短鏈的α-亞麻油酸開始代謝，但α-亞麻油酸要轉換成DHA或EPA的過程卻極為缺乏效率。
omega-3脂肪酸能讓細胞膜更具彈性
Omega-6脂肪酸與omega-3脂肪酸的比例之所以重要，是因為這兩種類型的脂肪在體內許多相同的功能中會互相競爭（特別是亞麻油酸會和EPA及DHA競爭），不過根據所使用的是何種脂肪，造成的影響並不一樣。
當飲食中所含的主要都是omega-6脂肪酸時，細胞膜中的亞麻油酸的量會遠高於EPA和DHA；當飲食中另外補充omega-3脂肪酸時，EPA和DHA會迅速的取代幾乎所有細胞細胞膜中的亞麻油酸，包括許多免疫系統中的關鍵角色，像是單核球、巨噬細胞、顆粒球（例如中性球）和淋巴球，以及部分其他關鍵細胞類型，例如紅血球（紅血球細胞）、血小板、內皮細胞（血管內壁部分的細胞）、神經細胞和肝細胞（肝臟細胞）。
當EPA和DHA被嵌入脂雙層（每顆細胞外層的細胞膜都是由脂質排列而成的雙層結構所組成）中時，細胞膜的特性會受到影響，例如細胞膜的流動性、延展性和通透性，同時也會改變包埋在細胞膜中酵素的活性──這些影響對細胞的健康和功能都是有益的。例如對吞噬細胞而言，擁有更具彈性和流動性的細胞膜代表執行吞噬病原體任務時的效率，這能幫助免疫系統正常的運作。
omega-6脂肪酸過多還會讓腸道生態失衡
除了發炎反應和擾亂免疫系統，過多omega-6脂肪酸的有害影響遠不止於此。
一項最近的研究顯示，omega-6脂肪酸過剩的飲食會促進老鼠迴腸內細菌的過度生長。此外，擬桿菌門和厚壁菌門中理想益生菌菌種的生長資源會被耗盡，導致腸道生態失衡。這項研究也發出警告，指出高劑量的魚油補充品會引起氧化壓力（雖然同時能使腸道微生物相回歸正常），因為魚油中的omega-3多元不飽和脂肪酸一旦被分離出來就很容易發生氧化。這也是以下兩點的立論基礎：
⑴應該減少omega-6脂肪酸的攝取，而不只是藉由補充品增加omega-3脂肪酸的攝取量。
⑵由全食物來源獲得omega-3脂肪酸，例如魚、貝類和放牧方式飼養的肉類，取代高劑量的魚油。
飽和脂肪對免疫系統也很重要
雖然在談到發炎反應和自體免疫疾病中之免疫系統活化時，omega-6脂肪酸比omega-3脂肪酸更可能是罪魁禍首，但飽和脂肪酸和單元不飽和脂肪酸的影響也值得注意。
將飲食中的飽和脂肪替換為單元不飽和脂肪有許多優點，除了較少發生餐後發炎反應，還能整體減輕受肥胖症或代謝症候群所苦者體內之發炎反應。已有動物研究顯示，單元不飽和脂肪酸與omega-3調控先天性免疫系統的方式非常相似（儘管造成的影響較弱），攝取較多的單元不飽和脂肪酸能夠藉由降低自然殺手細胞的活性和細胞分裂速率，以及減少由血液進入組織中單核球的活性及補充數量，而減輕發炎反應。
然而，我們不能因為單元不飽和脂肪是健康的，就認為飽和脂肪不健康。飽和脂肪是最穩定的脂肪，最難以被氧化，同時也是身體最容易分解和使用的能量來源（因為它們不具雙鍵結構）。同時請注意：當飽和脂肪的攝取量高而碳水化合物攝取量低時，發炎反應會明顯的減少（就算是在omega-6攝取量蓋過omega-3攝取量的狀況下亦然）。此外，食物中含有的飽和脂肪愈多，就表示愈可能是比較好的脂溶性維生素來源。
因此，我們不僅要將重點放在omega-6和omega-3脂肪酸上，也同樣注重飽和脂肪和單元不飽和脂肪的品質（相較於量而言）及多樣性。你的膳食脂肪來源有兩類：
⑴由全食物而來：像是你今天晚餐那塊鮭魚排中的優質DHA和EPA，或是你午餐時扔進沙拉裡的酪梨。
⑵經煉製而來：獸脂（煉製的牛或羊脂肪）、豬油（煉製的豬脂肪）、及草飼放牧的鴨脂肪，再加上椰子油、紅棕櫚油、橄欖油及酪梨油，都是除了全食物本身所包含的油脂外的健康脂肪優質來源。
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