防疫旅館專門接待國外回來的居家檢疫旅客,從消毒、動線規劃、房間清洗、餐飲,都經過層層把關和訓練才能通過,然而從暑假開始,邊境鬆綁,入境旅客變多,床位入不敷出,指揮中心研議未來一般旅館也開放防疫旅客入住,疫情指揮中心社區防疫組副組長楊靖慧表示,「一般旅客它能夠進去之後好好待在裡面,且確保他使用過的電梯有消毒,14天的隔離都待在房間沒有出來,其實我們就已經達成一個標準的防護措施。」
之前防疫旅館有嚴格規定,造成旅館數太少僅有8千房,如今想放寬,防疫旅館業者卻認為不太公平,因為當初申請花了相當多人力成本,就連地方首長也有疑慮,桃園市長鄭文燦表示,「以防疫旅館擴充為主,暫時不開放一般旅館。」,侯友宜也認為防疫旅館就是要守住防疫,不能出現漏洞。
台北市長柯文哲則說,「讓境外旅客跟國旅旅客在一般旅館混居這是破口,防疫旅館不是你去網路上把防疫SOP下載下來拿在手上搖一搖,你就變成防疫旅館。」
台中市沒有防疫旅館,市長盧秀燕獨創防疫檢疫替代所;台南市長黃偉哲態度最軟,說願意在安全無虞下盡量配合中央。