4月2日，清明連假的第一天，台鐵太魯閣號408車次撞上滑落邊坡的外包工程車而出軌翻覆，釀成50死、211傷的慘劇，是台鐵60年來最嚴重傷亡事故，掀起一波「台鐵改革」的相關討論。其實在2018年普悠瑪翻車意外後，當時就有規劃台鐵改革，公司化、民營化等細節，卻因種種問題遲未動工。
行政效率、組織結構遭詬病
究竟台鐵在現行體制下遇到什麼樣的困境？最明顯的就是長期虧損，其實與台灣交通運輸需求改變有關。從1978年中山高完成後，台灣運輸轉倚重公路、2007年高鐵通車後，西部長途客運也遭分食；但肩負公共運輸服務使命與企業責任的台鐵，卻沒有成功轉型，就這樣一路虧損了40年。
除了財務問題，台鐵的誤點、安全性、訂票系統皆長期被民眾詬病，背後原因其實與行政效率低落、營運績效不彰及組織結構鬆散有關。
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2018年10月21日，台鐵發生普悠瑪出軌事件
普悠瑪出軌後的檢討
2018年10月21日，台鐵發生普悠瑪出軌事件，之後外界對於台鐵組織的標準作業流程提出質疑，交通部組成院層級行政調查小組進行事故調查，並針對台鐵現行安全管理、設備、維修、人力及組織型態等面向提出「台鐵總體檢」報告，共列出了上百項需改善事項。其中提到，台鐵內部一直有各單位長期橫向整合連繫不足，導致緊急應變權責不明的問題，且包括設備維修管理、列車出車收車標準等等，都未有完整明確SOP。
長期面臨人力不足、車輛老舊問題
其中人力部分，因為行政院推動台鐵公司化、民營化，2000年起停辦鐵路特考，直到2008年才恢復；在這停辦的8年間，台鐵人力不斷流失，退休人數高達4千多人，以台鐵員工總數約1萬5千人來看，已經佔了1/3，人力短缺問題成了長期毒瘤。
加上由於台鐵的待遇相較其他公務員差，新人流失率也高達33%，大量資深員工退休，新人流動率又高，造成經驗無法傳承，人員訓練難以落實。
除此之外，台鐵車輛老舊也是問題，根據台鐵總體檢報告，至2017年為止，4270輛各型車種，54%年限已滿，且因車輛從各國買進年份不同，規格不一；年份高，購買維修材料十分不容易，維修費成本也很高，有些材料甚至買不到，也造成車輛故障率高，增加行車風險。根據官方數據，台鐵因車輛故障而發生事故的次數，一年可達452件，幾乎佔了一年行車事故的一半。
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虧損破洞沒能力補
報告中，台鐵的財務問題更是當務之急，因公營事業屬性，票價未計入在職員工提列退撫金及基礎設施維護等重大負擔，根本不足成本。
以2017年為例，23個三等服務性車站就讓台鐵一年虧損1億6千5168萬。觀光性質的平溪、內灣線、集集線、深澳線共虧損3.8億；六家與沙崙線虧損金額約1.2億；南迴線因旅運人次少，該年度也虧了4.9億，佔服務性路線的虧損金額將近50%。
加上台鐵大量人員退休，每年約需支付40億的龐大退輔金，未來恐怕還要增加到800億。雖然台鐵可開發資產高達262公頃，但也因為相關法規限制、文資保存及分區變更等困難，致使開發時程延宕，無法藉此增加收入。
截至2017年，台鐵負債比率高達49.68%，2018年已超越財務警戒線50%；固定資產比率高達96.83%，顯示台鐵償債能力不足。根據官方資料，台鐵2021年虧損預估累積1224億，預估2028年恐達1879億。
針對台鐵內部虧損與組織僵化的問題，外界喊話要改革，多位歷屆交通部首長均認為應朝公司化、民營化方向前進，藉由導入企業化經營，來改善台鐵內部問題。（民視新聞網報導）
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