台北市好心肝診所爆出違規私自將疫苗留給非依序規定施打人員施打，台北市政府備受批評。指揮中心指揮官陳時中10日在例行疫情記者會上也表示會依法嚴辦，並呼籲各醫療院所都應依照指揮中心公布優先施打類別施打疫苗，不過陳時中也強調，針對此一風波，不會以減少配發疫苗數量作為懲處手段。
台北市好心肝診所因為違反接種疫苗順序私自替診所志工施打AZ疫苗，遭北市府重罰新台幣200萬元，並取消合約疫苗接種診所資格。台北市長柯文哲10日上午召開記者會時特別提到，指揮中心在疫情爆發前就曾發公文指「合約醫院打不完的疫苗可分配至診所」，所以台北市才會配發疫苗到好心肝等6家診所。
指揮官陳時中隨後在例行記者會上做出回應。陳時中表示，指揮中心確實在4月21日曾發文，因為當時有一批疫苗五月底將到期，因此若合約醫院庫存量過多，評估無法在效期內用畢，可在轄區衛生局人員協助下，由衛生局配送到其他診所，「調度以一次為限」，但5月24日之後，因為疫苗不足，指揮中心再度發文，並多次在記者會上強調，應以第一、二、三類人員為優先施打對象。
陳時中強調，這次台北市政府配送給好心肝診所疫苗的效期到8月，因此沒有疫苗庫存量過多，也沒有可能會過效期的問題，但更重要是有無依規定將疫苗施打到應優先施打的族群上。陳時中：『(原音)比較新的文是在於5月24號後，我們在記者會也多次強調，因為疫苗需求大增，雙北針對一到三類人員施打，所以重點在這次事件裡面是施打對象是否一到三類，這才是比較大的重點。』
不過，陳時中也強調，指揮中心不會以減少配發疫苗數量作為懲處手段。陳時中：『(原音)前兩天我們有提到如果有這些違法或是沒有照著目標施打群在施打的時候，我們要減配，經過我們內部討論，我們覺得認為這個方式不適合，所以不會這樣做，因為確實我們只要違法事項嚴正法辦，不會用減配作為處罰手段。』
至於台北市有6家診所拿到配發疫苗，外傳是因為這些院方都是台大醫院出身，與台北市長柯文哲關係良好。對此，陳時中表示，疫苗有沒有私相授受，會請台北市政府提出報告，如不合規定，指揮中心就會依法嚴辦。
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