台北市立動物園為了強化對野生動物保育的實質貢獻，不時會透過與國內外機構交流，引進、輸出不同種類的瀕危動物，但在動物進出園區的同時，都要特別注意各種傳染性疫病的風險。民國95年間，台北動物園檢疫救傷中心落成啟用，讓新引進或待輸出的動物，都能進入獨立的檢疫空間隔離、治療或收容，成為防杜傳染病的第一線重要關卡。
檢疫救傷中心是台北動物園內門禁最森嚴及神秘的建築物，考量接觸過動物的人員都有攜帶或傳播病原的風險，因此檢疫中心向來謝絕訪客參觀，並配有獨立的保育員及獸醫師，負責檢疫隔離中心內動物的照養及醫療。為了顧及各種動物的照養環境與檢疫需求，特別規劃了各式不同的隔離欄舍及設備，檢疫隔離中心內分成4種主要的房舍－水生動物欄舍、大動物欄舍、小動物欄舍及重症隔離病房。
台北動物園表示，不同的動物都會依狀況需求，安排在適合的欄舍內隔離；若有傳染病疑慮或輸出來源為疫區的個體，則會先在重症病房隔離，並依規定進行相關檢測、監控有無病徵，有病徵的個體會留置重症隔離病房，並通知相關單位；無疑慮者於隔離期滿後，就可以移回一般欄舍或入園。全棟建築配有負壓空氣過濾設備，可過濾大部分的病原菌，排出乾淨的空氣，並防止能藉由空氣傳播的病源散播出去，危害園內或周遭的動物。
台北動物園指出，即使有了完善的檢疫硬體設備，也並非想要引進任何動物都能輕易輸入，前置作業流程相當繁雜，需要和他國動物園、保育繁殖中心、收容中心，討論評估動物交流目的、域外保育與動物福祉考量等，經過多次協商及專家會議討論，還要擬定運輸計畫後才會開始進行，還需要向相關單位申請保育類動物移動、釐清檢疫條件的內容；行政院農業委員會動植物防疫檢疫局會根據動物輸出入國所在的環境，配合國際流行病的通報資訊、當地疫情流行的情形，再針對不同的物種類群、生活習性、疾病型態，設定不同的檢疫條件與流程。通常一個動物輸出入的案子，得花費數個月到數年的時間來規劃，並經過多方協調，確保動物無傳染病風險及排除散播病原的疑慮，才終於能成為動物園的一份子。
