由於第12輪疫苗接種開放全年齡施打，為避免平台因流量過大當機，指揮中心規畫「分流預約」，時程被外界稱為「史上最複雜」。
第一階段首日、18日上午10點已開放BNT疫苗預約，19日上午10點、下午2點，將分別開放AZ、莫德納疫苗第二劑預約。
第一階段在18日上午10點開放30歲以上民眾預約BNT疫苗第一劑，截至18日晚上5點，已累計90萬7765人完成預約；19日上午10點則接力開放AZ疫苗第二劑預約，7月30日前已接種第一劑的38歲民眾，可在時限內預約。而莫德納疫苗第二劑也於同日下午2點開放預約，7月16日前接種第一劑的55歲以上民眾，可至1922線上平台預約。第一階段預約將於20日中午12點截止，接種時間為22日至27日。
第一階段符合預約資格的人數，分別為BNT疫苗第一劑135.8萬人、AZ疫苗第二劑有96萬人，而莫德納疫苗第二劑則有66.2萬人。至於第二階段預約則將於25、26日開放，25日上午10點開放23歲以上民眾預約BNT疫苗第一劑，7月16日前接種第一劑18歲的以上民眾，則可預約莫德納疫苗第二劑。26日上午10點開放AZ疫苗第二劑預約，只要是7月30日前接種第一劑的18歲以上民眾，及7月31日至8月6日間接種第一劑的45歲以上民眾，皆符合預約資格。第二階段疫苗預約時程至27日中午12點截止，並預計於28日至11月3日開放施打。
