指揮中心10月28日公告一名長榮航空機師，遭突破性感染，確診新冠肺炎。
11月1日指揮中心證實，該名機師感染的是Delta變異病毒株，經基因序列比對後，與自美國境外移入的Delta變異病毒株較接近。
該名遭突破性感染的機師（案16501），2021年7月已完成2劑的BNT疫苗接種，曾被派飛至美國洛杉磯，回台隔離一天快篩為陰性後，再度被派往阿拉斯加，返台後於居家隔離的第5天確診，相關接觸人員也立即遭到匡列。（熱門點閱：悶壞啦！北市開放關懷據點 長者可共餐、打麻將、唱卡拉OK） 疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞，1日下午在記者會公布，該名機師（案16501）的病毒定序，與自美國境外移入的病毒基因序列較接近，研判機師可能是在直飛美國途中，或在外站被感染。截至目前為止，國內機組人員累計有5人遭突破性感染，其中包含國籍航空，本國和外國籍機師；而國內截至10月29日為止，累計有189例，遭受突破性感染個案。
