國內規畫在12月可讓12歲至17歲青少年族群，若接種第1劑滿12周，即可施打第2劑BNT疫苗。指揮中心防疫醫師陳婉青也在30日公布數據指出，截至11月24日為止，經研判歸類共有23位歲青少年接種BNT之後發生心肌炎或心包膜炎，其中21位已出院。
另外根據統計，這23位12歲至17歲族群，分別為19位男性、4位女性，16名男性需要住院，15位已出院，女性4位都需住院，其中3位已出院，目前仍住院者有2位，分別為1男、1女。
此外，針對幾名通報個案初步調查顯示，從9月22日至11月3日接種後通報心肌炎或心包膜炎者，大部分症狀多出現多數都在兩周內，常見為是急性胸悶胸痛8成，運動後或平躺後呼吸困難其次，較少發燒或心悸。指揮中心也指出，我國「衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)」專家會議討論，，國人應按時程接種第二劑新冠疫苗，建議已接種第1劑BioNTech
COVID-19疫苗且無發生嚴重不良反應的12-17歲青少年族群，接種第2劑BNT，且建議2劑間隔12周以上。後續由指揮中心與地方政府衛生局規劃安排在校園陸續接種。 
此外，指揮中心也表示，對會中經專家審慎檢視各國青少年族群新冠感染、傳播與重症風險、mRNA COVID-19疫苗(包括BNT
及Moderna)接種策略、疫苗接種後心肌炎發生率與相關文獻，並分析國內青少年接種BNT疫苗後心肌炎/心包膜炎發生率、個案病程與恢復情形，雖然mRNA疫苗接種後發生之心肌炎/心包膜炎，可能與疫苗接種有關，但因為考量新冠病毒變異株持續在國際流行，農曆春節也將來，為降低境外移入個案造成國內社區流行風險，指揮中心認為，應積極提升各類對象第2劑接種率，提升群體免疫力，建議12-17歲青少年完成2劑BNT疫苗接種。
李秉穎也說，青少年是防疫不可或缺的一環，青少年風險低、不會得到重症，但很多呼吸道感染都是從班級群聚開始，得病後再傳給兄弟姊妹等，是社區傳染鏈很重要的一環；所以所謂的「利大於弊」不只侷限於重症風險，還考慮到全體民眾，因此建議青少年施打第2劑。
指揮中心說明，依據各國上市後監測數據，接種BNT疫苗會出現極罕見的心肌炎/心包膜炎病例，這些病例主要發生在接種後14天內，亦有極少數個案發生於接種後2周至4周間；接種第二劑後發生心肌炎/心包膜炎比率高於第一劑，且年輕男性發生比例，較女性及其他男性年齡層高。指揮中心提醒，民眾接種BNT疫苗後28天內，如出現下列任一疑似心肌炎或心包膜炎症狀，包括：胸痛、胸口壓迫感或不適、心悸(心跳不規則、跳拍或「顫動」)、暈厥（昏厥）、呼吸急促、運動耐受不良（例如走幾步路就會很喘、沒有力氣爬樓梯）等，應立即就醫。並於就醫時告知醫師相關症狀、症狀發生時間、疫苗接種時間，以做為診斷參考。此外，指揮中心30日宣布第3劑在1日開打，指揮官陳時中30日直言「mRNA疫苗不建議互相混打」。對此，李秉穎也說，如果是mRNA混打mRNA，基本上也不會怎樣，有研究顯示mRNA混打，綜合效價有一點上升，但因為差異很少，所以實務上看來有沒有混打mRNA效果差不多。李秉穎認為，如果沒有特殊需要，單純打1種疫苗就可以，但若有特殊顧慮，例如：考量到心肌炎，就可以考慮混打另一種mRNA疫苗。
