有關環團再次提出台北港方案，經濟部昨（6日）說明，此方案有三大問題，包括將船席置於台北港航道上的航安問題，海管由大潭電廠進水口進入的安全問題，穿越觀新藻礁保護區的生態問題。
針對潘忠政先生稱政府不願將三接遷往台北港，背後有不願看到的事，經濟部回應，台北港方案至少需時11年，經濟部確實是不願看到人民用電的權利、中南部減碳降空污的期待落空。
經濟部也強調，交通部航港局已經明確表示，由於液化天然氣船（LNG）屬於危險品運輸船，停泊時與航道必須要有150公尺的安全距離，台北港航道才400公尺寬，其他大型船舶進出時將有航安疑慮，也會影響周邊碼頭運作。護礁聯盟的朋友將船席置於航道上，未來停泊時，像是大型車輛停在車道上，對整體港口航安帶來相當的危險性。
此外，目前三接站址離大潭電廠僅1.5公里，若到台北港則要拉50公里海管。管線不是麵線，無法隨心所欲、隨時轉彎，相關工法都要考量周邊地質條件與既有建設。藻礁聯盟的方案一會穿越觀新藻礁區，同樣有保護藻礁的生態問題。
方案二、三的所謂HDD工法，對地質的要求非常嚴格，若遇到卵礫層，極易產生崩塌，管線若從大潭電廠取水口底下進入，會遇到抽水機房四周已有30公尺深的擋土全套管基樁，再採HDD工法，深度將達40公尺以上，如果出現工程意外，會影響電廠抽水機房，以及整個大潭電廠與北部的供電安全。
至於藻礁盟所謂遷往台北港可現省1300億元一事，經濟部表示，先不提目前已投入的約250億經費、也不提遷移的海上拆除花費、或是海上拆除的生態影響，目前三接預算也不到1300億，實在不知道要怎麼現省1300億？
從節能節電的層面來看，經濟部也提到，台灣過去10年（2011-2020）電力密集度已改善12.6%，已相當於2020年用電量，較2011年用電效率未提升前累計減少391.68億度，未來節電目標，也會以2017~2025年用電效率（每單位GDP用電量）年均改善2%為目標。但在國內半導體等投資力度持續加大、台商回台投資持續加溫的情況下，仍需維持一定的電源開發腳步。
經濟部指出，現實是台北港方案，航港局有航安疑慮、港區其他民間廠商反對、新北市政府反對、選區民代反對，作業時間11年已是保守估計，但經濟部不願見到的，是中南部減煤減碳降空污的期待還要等11年，國家供電、經濟發展也會出現11年的空窗期，呼籲國人回到理性討論，支持三接外推方案如期興建。
