房地合一2.0在去（2021）年7月生效，除了拉長短期交易的年限、將營利事業比照個人依持有期間按差別稅率課稅及將預售屋交易所得納入課稅範圍外，最大的變革就是將「特定股權交易」納入房地合一稅之課稅範圍。會計師指出，這次財政部有關直接或間接持有股份或出資額的認定標準，原則上是比照CFC有關直接或間接的相關規定，但要特別注意，針對個人的認定標準，除了個人本身的持股外，配偶及二親等以內親屬的持股，還有個人、配偶或二親等以內親屬擔任營利事業董事長、總經理或相當職位的該營利事業持股，也需合併計算判斷是否超過半數，有可能單純的股權交易都會不小心落入了房地合一之課稅範圍，納稅義務人一定要謹慎以對。
勤業眾信聯合會計師事務所私人暨家族企業服務團隊會計師王瑞鴻說明，所謂「特定股權交易」就是營利事業或個人在處分國內外營利事業股權時，若同時符合兩要件者，該交易利得即須按持有期間課徵房地合一稅，包括一、個人及營利事業交易直接或間接持有的股份或出資額超過該營利事業的半數；二、處分該營利事業股權或出資額的價值50%以上係由台灣境內之房屋、土地所構成。而財政部於今年1月25日分別發布函令，明定個人及營利事業「直接或間接持有國內外營利事業過半數股份或出資額」的認定標準。
特定股權交易納入房地合一課稅則有兩大要件，暫且不論股東直接或間接持股的比例是否過半，單以「營利事業股權或出資額之價值50%以上係由台灣境內之房屋、土地所構成」的要件來看，一般建設公司、不動產開發或租賃公司及旅館業者其主要資產可能多為不動產，則該等公司股權交易就要特別注意股東的直接間接持股是否會落入過半的要件。
除了上述公司之外，王瑞鴻指出，家族資產管理公司也是要特別注意的族群，過往很多家族為避免以個人名義持有不動產會因為經過多次繼承後，導致所有權人眾多，增加日後處分不動產之難度，而選擇透過法人持有家族不動產，則在房地合一2.0之後就要特別注意家族資產管理公司其股權移轉，即有可能落入房地合一之課稅範圍。
王瑞鴻特別提醒，一般家族公司的股份多會透過贈與或繼承的方式移轉給家族成員，但若是遇到了家族分家的狀況時，有可能家族成員彼此間會透過買賣或交換某些特定家族企業的股份來達到分家的目的，這時就要特別注意在分家的過程中是否會因股權買賣而繳到房地合一稅。
這次認定標準將配偶及二親等以內親屬的持股，甚至個人、配偶或二親等以內親屬擔任營利事業董事長、總經理或相當職位的該營利事業持股也需合併計算判斷是否超過半數，則即使個人持股未過半，但依目前的認定標準仍然有可能被認定直接或間接持股過半而落入房地合一稅之課稅範圍。
王瑞鴻舉例，哥哥與弟弟分別持有家族企業80%及20%的股權，為了達到分家的目的，經協議後由哥哥購入弟弟之持股，雖然弟弟個人持股未過半，但加計了哥哥的持股後，弟弟就會落入直接或間接持股過半的規定，若該家族企業之價值50%以上係由台灣境內的房屋、土地所構成者，則弟弟交易該股權的利得就須繳納房地合一稅。
有關個人直接或間接持股的定義並非一般人所想像的單純，針對未來的股權交易，只要所交易的標的其價值50%以上係由台灣境內之房屋、土地所構成者，最好能委託專業顧問協助判斷個人之持股是否過半，以避免不小心就落入了房地合一之課稅範圍。
王瑞鴻補充說明，這次認定標準從去年7月1日房地合一2.0生效日即有其適用，納稅義務人務必重新檢視去年7月1日之後的股權交易案件，是否會因此而落入房地合一稅之課稅範圍，必要時應洽詢專業顧問提供協助，若股權交易確實符合房地合一有關特定股權交易之規定者，雖然個人房地合一稅之申報期限為交易日之次日起算30日內，但函令發布前之交易案件，只要在今年3月31日前自動補報繳並加計利息者，就不會被稽徵機關裁罰，納稅義務人務必多加注意。
最後，王瑞鴻指出，財政部有關直接或間接持股過半的認定並非僅侷限單一個人的持股，而這樣的認定也確實改變了某些股權交易的課稅方式，因此當家族遇到分家狀況而必須有股權交易之情形者，一定要特別注意是否會落入了房地合一稅的課稅範圍。
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