美國肯塔基大學毒理學博士陳立川表示，微波爐的發明顛覆了有火才能烹調食物的做法，它的加熱原理在於發出波長十多公分長的微波，照射在食物上，使得食物內的分子，每秒來回激盪二十多億次，進而加熱食物。
《維生素C過熱易被破壞》
微波爐使得烹調變得更簡單、方便，因此成為許多家庭必備的家電。陳立川說，微波是利用水分子共振加熱，易受熱破壞的營養素，也會被破壞，例如維生素C就很容易受熱破壞，即使是蔬果機刀鋒快速攪打全食物蔬果，接觸面溫度較高處的維生素C，一樣會被破壞。在一般烹調過程也需注意，如果溫度太高、煮太久，維生素C也容易流失。
《離微波爐50公分較安全》
此外，許多人也在意微波爐電池波的問題，台科大電機系助理教授蕭弘清表示，微波爐電磁波最容易影響人體的地方，是微波爐的門縫，針對門縫測到的電磁波最大數值為1mW/cm2，距離五十公分左右，電磁波已衰退到0.01mW/cm2以下，因此距離微波爐五十公分，應是安全適當的距離。
《塑膠5、7號可微波，但最好用陶瓷》
國內最新研究發現，塑膠中常添加的「塑化劑」屬「環境荷爾蒙」，會干擾內分泌，使女童出現性早熟症狀，男童也容易出現女性化行為傾向。林口長庚醫院腎臟科主治醫師暨臨床毒物科主任顏宗海表示，塑膠容器、餐具有三不政策，「不要微波、不要加熱、不要裝熱食」。
顏宗海表示，塑化劑會導致男性性功能障礙，因為它是環境荷爾蒙的毒物，本身會影響荷爾蒙的代謝，所以不管對男性、女性都會有危害；另外，塑膠容器最容易應用在微波食品上，塑膠製品5號、7號有特別標示，雖然可以微波，但還是專用的陶瓷容器比較健康。
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《塑膠包膜也需注意！》
顏宗海的恩師，已故林口長庚醫院臨床毒物科主任林杰樑早已指出，除了電磁波可能的危害，微波食物的問題常出在容器及烹飪方法不當，例如把保鮮膜、塑膠容器，甚至是有塑膠淋膜的紙容器放進去加熱，當溫度一高，不只一些不穩定的塑膠單體、可塑劑等會溶出，甚至直接汽化，民眾一打開微波爐時就會吸入。
林杰樑指出，這些可塑劑成分屬於環境荷爾蒙，不只會干擾雄性荷爾蒙或是雌性荷爾蒙，甚至連甲狀腺也會受到影響。對孕婦健康傷害很大，也可能造成男性精子的品質或是數目下降。
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《別加熱過頭！》
林杰樑建議，最好選用沒有顏色的瓷碗，且把握「加溫不加熱」的原則，不要微波到過熱。更要注意的是，有些人微波時連便當的透明蓋都放進去一起微波，一旦透明蓋是6號塑膠（PS），便可能產生苯乙烯單體，長期食用甚至可能有致癌風險。
董氏基金會營養組主任許惠玉提醒，微波比較適合用來「復熱」，如果是需要滅菌、殺菌的烹調，就不適合微波加熱。
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