知名樂評家林衡哲談到他與作曲家馬水龍的緣分，他接受民報專訪表示，馬水龍每逢有新作發表時，一定會送他最好的貴賓席，並親自開車送他到音樂廳，記得最感動的一次世界首演是馬老師的「無形的神殿」，這是由邱君強指揮，由國台交演出，是馬水龍有一次登上玉山時，深刻感受到台灣山林之美，從內心深處湧現出對祖國台灣之愛，於是用台灣名詩人李魁賢的詩：「無形的神殿」，創作出不朽傑作。
林衡哲說，馬水龍這首「無形的神殿」曲子，把原住民特有的遼亮呼喚放進去，聼完後全場聼眾起立鼓掌，他也直覺認為馬水龍的「無形的神殿」和蕭泰然的「1947序曲」，是近代台灣作曲家最具國際水準的作品，也是他們二人一生的傑作。
林衡哲表示，事實上，他與馬水龍不算是親密戰友，是屬於那種「君子之交淡如水式的音樂知交」。
林衡哲說，他在2005年剛搬到關渡後，成為馬水龍的鄰居，「那是我們友誼的一段黃金時代，我經常跑到他那腑瞰関渡平原的家，閒聊或聼他的新作，記得有一次他放了他的鋼琴協奏曲在羅馬尼亞首演的版本，特別令人感動」，從那時他開始經常參加馬水龍於1989年在邱再興文教基金會支持下創立的「春秋樂集」，因此才有機會聼到無數年輕一代作曲家的作品。
1986年馬水龍獲得美國國務傅爾布萊特獎學金，到美國考察和研究，他記得1987年馬水龍在紐約林肯文化中心的Alice Tully Hall舉行全場的馬水龍作品發表會，這是台灣作曲家有史以來，第一次有機會在美國音樂首都的紐約，全場演出個人作品發表會，那時紐約時報知名樂評家Bernard Holland説：「綜觀馬水龍先生之作品，他突破了東西方音樂的藩籬，並揉合了東西方音樂不同之表現手法與傳統特質，予以平衡處理，成功地表達他自我文化內涵與思想，而不落俗套，實為難能可貴。」這位評論家確實是馬水龍的知音；同時催生者之一的鋼琴家陳芳玉「很興奮的告訴我，音樂會非常成功。」
不久馬在返台之前，路過洛杉磯，記得在加州大學洛杉磯分校新秀作曲家吳丁蓮家裡，他跟前輩作曲家陳泗治一起去與馬相會，在歡聚2小時，這是他生平第一次見到馬水龍，那時大家對台灣音樂的未來充滿希望。
林衡哲說，1996年由其恩師林宗義主持，合唱指揮陳慧中策劃的台加文化協會，邀請加拿大著名的溫哥華交響樂團，全場演出臺灣作曲家的作品：第一首是馬水龍的「梆笛協奏曲」；第二首是金希文的「第三交響曲」（世界首演）第三首是蕭泰然的「小提琴協奏曲」（加拿大首演由林昭亮獨奏），這場音樂會是歷史性的盛會，台灣作曲家的作品终於在國際樂壇出頭天了，而三位作曲家馬水龍、金希文和蕭泰然也全部出席，最後指揮克萊.密契爾與3位台灣作曲家和林昭亮和陳中申一起出來謝幕時，那真是台灣音樂史上最大盛會，最榮耀的一刻，這二場音樂會蓋冠雲集，創造了海外台灣人的文化奇蹟，那是他第二次見到馬水龍，大家聊得非常愉快。
1997年他返台服務於門諾醫院，第二年記得許常惠和馬水龍等音樂家，來花蓮開學術研討會，會議之後大家一起喝酒聊天，渡過充滿歡樂的一晚，許常惠留學法國，把歐洲現代音樂的傳統介紹到台灣的先驅，許常惠深受杜步西等法國現代作曲家的影響以及巴爾托克採集民間音樂的影響，許常惠和史惟亮一起推動台灣民間音樂的採集，那時蕭泰然和馬水龍都是他們的手下大將，2000年許常惠過世，馬水龍就很自然地成為許常惠創立的「亞洲作曲家連盟」的接班人。記得2001年4月23日馬水龍的鋼琴協奏曲（関渡隨想）在台北國家音樂廳世界首演時，馬水龍特別邀請仍然在花蓮門諾醫院上班的他，他趕緊下班後坐飛機過去，差點來不及聼這場精彩的首演，聼完後他意識到郭芝苑、蕭泰然和馬水龍都在台灣音樂史上留下一首不朽的鋼琴協奏曲。
談到馬水龍作曲的心路歷程，他印象最深刻是，馬水龍與林懷民的雲門舞集合作的「廖添丁舞曲」時，馬水龍説他二次由基隆開車到八里廖添丁廟時，找不到靈感空手而回，直到第三次拜訪，看到日本警察的評語：「神出鬼沒廖添丁」，才觸動靈感，而完成此劇，這是台灣音樂史上首次把歷史人物搬上舞台。
林衡哲談到馬水龍未完成的夢：「蔣渭水的畫像」，他和蔣里容都是蔣渭水基金會的理事，而蔣里容的父親又是馬水龍的媒人，関係非淺，因此他和蔣里容二人一直期待，能有作曲家為日治時代台灣的救世主蔣渭水創作一首曲子，而馬水龍也對蔣渭水頗為祟敬，因此他們曾先後期待馬老師為蔣渭水的一生做曲，而馬老師説：千萬別給他任何作品奨助金，靈感一到他就會寫，為此他去年特別到他馬家，送給馬水龍美國作曲家柯普蘭創作的「林肯畫像」，現在隨著馬的仙逝，「蔣渭水畫像」不知何時才能出現？
最近半年來他和馬水龍接觸比較頻繁，主要不是為了音樂，而與2014年11月29日的台灣大選有關，是為基隆市長林右昌輔選站台，他們對重視文化的民進黨市長候選人林右昌寄予厚望，並認為林將會帶動基隆的文化復興，因此在大選之前二週，馬水龍、邱再興和他一起開車到基隆為林右昌加油，據說這是馬老師的第一次政治秀。
如今出生基隆的文化大師馬水龍過世了，林衡哲希望在不久的將來，基隆有「馬水龍紀念館」與嶄新的「馬水龍文化中心」的出現，來帶動整體基隆的文化復興。
除此之外，林衡哲也說，他和馬水龍都擔任台北市長柯文哲的文化顧問之職，但馬水龍是大顧問，他直接參加台北文化局長的咨詢委員會之職，而他祇是小顧問，僅幫忙5月31日將在台北市府舉辦的曽御慈二週年追思音樂會。之前他們也常在電話中討論，如何幫忙柯文哲市長把台北變成「台灣的文藝復興之都」的理想，可惜在理想還未實現之前，馬水龍已經先離開了。
林衡哲說，台灣音樂界有很多學生直接、間接受到馬水龍的影響，他無私的胸襟，對台灣文化主體性的重視，可以説是最適合領導21世紀台灣文藝復興的指標性人物，「他常常對我説：我最好的作品，就是我的下一部創作」，如果上帝讓馬水龍多活10年的話，相信將會給台灣留下更多豐富而多彩的音樂文化遺產」。馬水龍已經給台灣和世人留下夠多的美好音樂禮物。「安息吧！馬老師，你的超越的人格和永恆的音樂，將會永遠地留在我們的心中。」
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