針對大巨蛋弊案，法務部及特偵組，分別以不具偵查權或不屬其管轄權限等之理由，來迴避主動調查之責任。惟如此的說辭，於法律上是否站得住腳？
根據法院組織法第60條第1款及第61條，關於犯罪偵查、起訴、論告等，乃專屬於檢察官，致須獨立行使職權。所以，檢察署雖隸屬於法務部，但法務部長卻無對案件訴追的指揮監督權限，而只有檢察人事與行政的決定權。依此而論，關於大巨蛋案，若涉有刑事不法，將之移送無任何偵查權的法務部，確實屬對象錯誤。惟依刑事訴訟法第241條，公務員若知有犯罪嫌疑就應為告發，故即便法務部無偵查權，也該移送其下的廉政署或調查局為偵辦，而非以一副事不關己的態度面對。
此外，依據法院組織法第63條之1第1項第1款，針對總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件，乃專屬由特偵組偵辦。故就大巨蛋案來說，時任台北市長的馬總統，即不在法條所列舉的範疇之內，自非屬特偵組偵查的對象。只是根據法院組織法第63條之1第1項第3款，只要案件涉及重大貪瀆、經濟犯罪或危害社會秩序，檢察總長仍可指定由特偵組調查。甚且基於法院組織法第64條所揭示的檢察一體原則，檢察總長就算不將大巨蛋案交由特偵組，也該將此案責由北檢偵查才是。若以無管轄權限為推卸，不僅於法無據，更屬一種懈怠，致會涉及刑法第125條第1項第3款的濫權不追訴罪。
事實上，刑事訴訟法第228條第1項，之所以規定檢察官知有犯罪嫌疑，無庸等到任何人的告發或檢舉，就應加以調查，目的就在課予檢方主動偵查犯罪之義務。甚而在我國，除了有監察院為公務員違法失職的行政調查與究責外，於各機關亦配屬有政風機構，以為貪瀆不法之預防，而在法務部底下，亦有調查局與廉政署來為貪瀆犯罪之調查。凡此等等的肅貪機關，正在使貪瀆犯罪無所遁形。
只是明明存有這麼多的反貪機關，但對於許多已經鬧得沸沸揚揚且可能涉及貪瀆的弊案，卻總是慢半拍，甚至是文風不動。以近來爭議不斷的大巨蛋案來說，從簽約開始至今，就不斷出現更改契約、變更設計，甚至使一個原本能為大眾所用的運動文化園區，搖身一變成為以營利為主的商業中心。但身為防貪第一線的政風機構，竟是無所作為。而在新市長上任後，還特別成立廉政委員會為調查，並將諸多文件解密，以讓真相曝光，則台北市政風處就著實淪為附庸，甚至是可有可無之機構，實顯得相當諷刺。
更令人不解的是，明明大巨蛋的爭議已非一朝一夕，也有不少人至地檢署告發主政者的貪瀆犯罪，惜這些肅貪機關，卻常以證據未明、尚難成案或非屬其管轄等等之理由，而遲遲不發動偵查。只是問題是，成立這麼多的肅貪機關，就是希望執法者能主動出擊，並運用法律所授權的強制處分權，來取得一般人所無法知悉的機關文件，若還要等到人民告發，甚至所提供的檢舉資料屬實才偵查，實可能喪失蒐證的黃金時機，致讓貪贓枉法者逃脫刑罰的制裁。
總之，類如大巨蛋之弊案，要找出官員有圖利，甚至是受賄之事實，本就有其難度，就更有賴於偵查機關儘速且積極的介入。若關於此等弊案，還得等到民眾，或是不具有任何司法調查權的廉政委員會來檢舉或告發，甚至還得罪證明確才啟動調查，則檢察機關及諸多的反貪機制，實可廢矣。
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