被視為保健功效的樟芝與靈芝真菌產品，往往價格逼人，其中，這類產品來源又可分為是子實體或是菌絲體醱酵，功能差異大，為避免業者魚目混珠，保護消費者權益，食藥署要求製造真菌類食品的業者，從7月1日起如實標示。
據中華民國微生物文教基金會指出，靈芝生活週期可分為孢子、菌絲體和子實體3個不同階段，市面上的靈芝產品種類多，來源有菌絲體、孢子和子實體，功效有差異，子實體所含的成分種類遠多於菌絲體，靈芝子實體所含的活性多醣肽成分高，組織也較完整，使用於健康食品價值較高。
南台科技大學教授李順來曾發表指出，利用菌絲體醱酵而得的牛樟芝產品，其多醣體成分含量高，但次級代謝物含量則較低，因此免疫提升的效果較強，但保肝、抗腫瘤的功能較差；相反的，子實體的多醣體含量低，而三萜類含量高，所以抗發炎的效果較強，相對的降低免疫力的效果也比較明顯。
坊間真菌類的產品包裝只有一大朵菇為商品圖示，民眾難以分辨差異。食藥署科長李婉媜指出，7月1日後製造的產品，通通不能魚目混珠，外包裝必須明確標示原料的中文名稱及拉丁學名，加註使用部位為子實體、菌絲體或子實體加菌絲體及其培養方式，不能以圖片誤導。
李婉媜進一步說明，依照新標示管理原則，未來只有使用「子實體」或「菌絲體與子實體混合」的產品才准使用靈芝、樟芝等名稱和照片；相反的，如果業者使用的是「菌絲體」就不可以只標示靈芝、樟芝等名稱，必須完整標示為「○○菌絲體」，其外包裝不得出現靈芝、樟芝等圖片。
食藥署指出，標示不合格，以致消費者誤解的真菌類食品業者，違反「食品安全衛生管理法」規定，衛生機關可依法開罰新台幣4萬至400萬元罰鍰。
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