近年來台灣每隔一段時間就會爆發食品安全事件，從去年開始塑化劑、瘦肉精、毒澱粉，到延燒至今年的餿水地溝油風波，食安事件連環爆，問題如滾雪球般越滾越大。食品本來就是人們生活不可或缺的一環，現在居然連每天生活必須的食用油，國家認證的GMP標章產品都出問題，搞得人心惶惶讓民眾大嘆有還有甚麼可以吃。水產品不惶多讓，去年水產品除了爆發日本輻射區海產非法進入國內市場販售外，今年5月又查獲台灣打算外銷日本的養殖鰻魚含孔雀綠禁藥，被發現後業者還將之製成蒲燒鰻、白燒鰻打算轉售國內市場。
回顧台灣水產品食安事件 犖犖其大者有：
1986年綠牡蠣事件。「廢五金」處理的廢棄物(銅離子)造成台灣南部海域養殖牡蠣的大規模污染。
2002年外銷中國白蝦藥物殘留、2003年台灣鯛銷歐盟氯黴素殘留、2004年台灣鰻魚輸日恩諾沙星殘留事件。
2005年孔雀綠石斑魚事件。已經經過政府部門嚴格檢驗認證合格的石斑魚被檢測出含有"還原性孔雀石綠"殘留。負責認證的台灣養殖魚產運銷合作社在檢驗養殖場一至兩池養殖池之後，就先發給認證標章；但養殖業者魚目混珠，將未經查驗的石斑魚貼上認證標章，再和合格的魚貨一同出貨。
2006年 孔雀石綠風暴。香港媒體報導，來自台灣的石斑魚檢出孔雀石綠。
2007年鱒魚養殖場使用禁藥。台北縣農業局抽檢養殖場飼養的鱒魚發現「Nitrofuran硝基呋喃」（Nitrofuran）、「氯黴素」等禁藥殘留。
2008年養殖場以病死雞、實驗用白老鼠餵食土虱。
2011年有漁民在明知淡水河水產有害(含砷)仍然捕撈，運往中央市場批售，由不知情的盤商購入，分售到全台各地的傳統市場。
2013年調查局高雄站查獲屏東石斑魚養殖業者，涉嫌將工業用化學藥劑製作動物用偽藥，賣給高屏地區不知情的石斑魚養殖業者，謊稱藥物具有消炎和殺菌效果，獲取暴利上千萬元。
2014年中國大閘蟹輸台源頭把關不嚴，中國認證大閘蟹經台灣食藥署驗出氯黴素、證實含動物用藥。
水產養殖池經過長年累月的使用後，養殖環境容易惡化，更由於放養密度過高、投餵飼料過量，及生物排泄物等有機物累積在池底，都會導致水質、底質惡化，病原菌叢生。因此養殖生物一旦遭受緊迫，例如颱風、連續乾旱等大規模氣候突變；或季節交替之際，容易罹病。雖然台灣行政院農業委員會推動各項水產用藥技術的精進：包括修訂水產動物用藥品使用規範及推動魚用疫苗研發上市；企圖建立國內重要水產動物病原資料庫並定期追蹤，致力有無特定病原感染之對象動物供試驗；瞭解對象動物在感染該種病原時的病理反應，並且建立該種病原在對象動物的攻毒模式；篩選抗原產量高又安全的病原體，設定疫苗生產的相關條件，如劑量及用法用量等，進入疫苗量產階段。希冀藉由疫苗的施打，能夠達到預防勝於治療，養殖業產值倍增的目的。但是往往緩不濟急、風評不佳。為了消滅病原(細菌、黴菌、寄生蟲及病毒等)，業者多會便宜使用抗生素及其他化學藥物治療以求速效、立竿見影。
水產養殖用的抗生素通常添加在飼料中，或是由飼料生產者或養殖戶噴灑在顆粒飼料表面。然而一般台灣養殖業者對藥品知識所悉不多，認識不清。不法業者乃趁機在推銷飼料時，或遊說或誘騙、推銷加買某某配方，添加混合使用，可以預防疾病，魚、蝦會養得更漂亮有賣相，於是養殖業者在不明究理的狀況下：
1、未遵守停藥期；2、未正確依照規範使用水產用藥；3、誤用禁藥或使用未核准的藥物；4、誤用不合格的加藥飼料；往往過量使用抗生素及化學藥物，發生藥物殘留現象。
其實藥物殘留會增加養殖生產的用藥量，藥效也變差，既增加成本又提高魚病防治的難度，同時對人類的公共衛生也造成威脅。經年累月藥物殘留不但破壞土壤和水中的微生物相、引起生態失衡與環境污染；而且危及養殖生物與終端消費者人體健康，例如出現抗藥性、過敏、中毒和致癌、畸形、突變等病變。等到養殖生物一上市，市場上販售業者為了吸引顧客的購買慾，多使用保鮮劑、保色劑、漂白劑、防腐劑使架上的漁產看起來新鮮、漂麗、也可保值。
2005年台灣行政院農業委員會推行優良水產養殖場認證（Good Aquaculture Practice，簡稱GAP認證），藉以提昇養殖水產品品質，保障消費者食用安全，促進產業永續發展。2014年起台灣也修訂一套新的食品衛生管理法，要求水產食品業者本身應做好自主管理，不得使用來路不明或違法之原物料，建立賣場與物流管理（GSP/GDP）以及生產工廠之作業管理（GMP/HACCP），更強調原料栽種的生產管理（GAP），原物料來源建立追溯追蹤系統，確實掌握食品來源及流向，構成一個完備的食品安全管理系統。根據 HACCP 管制系統，從飼養到最終產品的全過程產生的記錄包括：飼料管理記錄、防疫用藥記錄、漁政或獸醫部門的健康證明、養殖監管證明、疫病檢測報告、運輸車輛消毒證明等，可幫助養魚業健全「標識追溯系統」和「產品回收制度」。但因為沒有徹底落實執行，所以被媒體譏為「四不一沒有」：成效不彰、方向不對、執法不嚴、罰則不重，黑心商人才沒在怕。至今食安問題仍舊存在。舉今年4月剛發生的含孔雀綠禁藥毒鰻魚事件為例，台灣養殖鰻魚九成出口日本，依照我國現行的「外銷養殖鰻魚生產管理證明核發要點」，活鰻及加工鰻在外銷前，需經過出池前養殖戶自主檢驗，出口或販運商第2次檢驗，加工業者第3次檢驗合格後，才能外銷，把關相對較其他水產品嚴謹。但此次出事的加工廠，在未取得檢驗報告就先加工，在得知驗出禁藥，亦未依照規定通報，只退貨，而該廠負責人竟然是由政府官員擔任常務董事與理事的台灣區鰻魚發展基金會的董事長！孔雀綠產自雲林縣海氏生化科技公司；負責人竟是雲林縣消防局祕書蕭晏松！在在顯示政府把關不嚴謹、立刻查扣銷毀、與僅移動管制無須銷毀、兩套標準並行，現行法令顯有漏洞。
民以食為天，食品安全應該一如「生命權」是最基本，最重要的人權，如果無法充分保障，那麼其它權利都是空中樓閣。台灣要想重新營造一個食安的環境，鑒於歷史共業你我都是共犯。論者以為唯有廠商、消費者、媒體「3管齊下」善盡其職，或可竟其功。
一、讓黑心廠商倒閉。台灣食品管理法要求業者要善盡「良善管理人」責任，其「自主管理」的內容包括強制實施食品安全管理制度、強制食品業者登錄制度、追溯與追蹤系統、要求專長與專業證照、產品標示與來源揭露、進口產品具結放行與移動管制、刊登廣告需善盡查證責任、以及公布檢驗結果，應同時揭露檢驗相關資訊等。政府該做的是建立周全的食安制度和檢驗能力，規定訂清楚，抓到就嚴懲重罰。揪出魚目混珠、廣告不實的商品。譬如賣場使用「油魚」（圓鱈）冒充鱈魚，導致消費者腸胃發生不適，肛門排出油份。超市以較廉價的淡水養殖鯰魚冒稱魴魚販售。黑心廠商為了暴利而不惜危害消費者健康，當然必須付出慘痛代價，甚至迫其關廠、倒閉，才有遏止作用。
二、推動「生態標章」制度。消費者必須明智，不一味追求「便宜」，一分錢一分貨，消費者不要購買來路不明或沒有標示的食品，不要光看光鮮亮麗的外表，只注重其衛生及產銷履歷(過程)，是否浪費食材；而且應從健康、安全，及關心吃的種類是否會瀕危、捕撈時是否符合永續及環保等的角度選取食材，讓己枯竭的資源有苛延殘喘的機會。大力支持守法廠商，讓良幣驅逐劣幣。抵制黑心廠商使之滅頂、倒閉關廠絕不姑息。
三、媒體充分發揮第四權監督力量。媒體要追蹤廠商的永續海鮮採購政策：排除瀕危物種（如黑鮪、大目鮪、歐洲與日本鰻等）、以破壞性漁法、非法漁業或剝削漁工、強迫勞動的漁船。督促其建立可追溯性：了解海鮮來源、捕撈地、漁船、漁法。要求資訊透明度：公開食材來源、在菜單或網站上標明魚種、來源或採購政策等。目前我們所購買的水產品中只有一小部分是合乎永續理念，符合責任漁業指標的，但輿論壓力出現後情況應會逐漸改觀。
最後消費者和媒體應聯合起來，對官員積極究責。台灣發生過多次食安事件，官員卻依然無事，穩如泰山。我們必須對負責官員賞罰嚴明 ─ 要求引咎下台甚至移送法辦判刑坐牢。
台灣一連串的食安問題不但引起社會恐慌，人民對於國家的信任完全破產，亦嚴重影響國際社會對台灣之觀感。尤其我國向來以擁有高規格食品安全標準及美食王國而自豪，如今接二連三出現食品安全危機，不但嚴重損害台灣美食王國形象，更致命打擊台灣外銷食品貿易。其次，鑒於野生魚類已經越來越少，吃食水產養殖品已是大勢所趨。全球水產養殖聯盟 (GAA) 制定了 BAP 標準，提倡水產養殖場地自願認證，強調水產養殖業者負環境和社會責任、重視動物福利、注意食品安全和提供原料可追溯性。這是台灣水產養殖食安應該努力的目標。
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