南港瓶蓋工廠爭議自9月4日拆除工程開始，歷經9月18日南瓶守衛隊衝入瓶蓋工廠擋怪手、20日柯市長進入瓶蓋工廠邀守衛隊（下稱守衛隊）進市府討論並承諾停工、22日守衛隊與柯市長進行南瓶會議並成立【南港瓶蓋工廠全區保留專案小組】（下稱專案小組），並指出兩週內要提出「全區保留的可行性方案」，在專案小組成員不眠不休地努力七天後，於10月2日將【南港瓶蓋工廠全區保留專案報告】送進市府各局處，並由地政局協同各局處、中華電信、國產署、郭南山私地主及里長於10月5日（週一）、6日（週二）召開專案小組會議，討論全區保留方案的可行性。
週一（5日）的第一次會議中，中華電信表示若南港機房可以原地保留，願意接受就專案小組所提出之換地方案進行討論，國產署則表示，會尊重文化資產審議結果，也希望能不參加市地重劃，但若市府決定全區保留，國產署要求應比照私地主等值換地，僅郭南山三位私地主表達不接受所有保留方案。
週二（6日）第二次會議，三位私地主未出席會議，中華電信初步表示願意接受針對民間團體所提換地方案進行研議；國產署則重申前一日的立場，也針對容積移轉一事表達「是否等值」的疑慮，但因未獲授權無法做出決定。接連兩天的溝通結果，顯見若市府願意多花點時間與中華電信、國產署善加溝通，全區保留南港瓶蓋工廠的夢想指日可待。
未料，在市政府各局處單位的消極配合、地政局長李得全無視柯市長親自指定的專案小組召集人楊重信教授之兩案並呈主張，以柯市長要求兩週內要有可行方案為由，迫使專案小組共同宣告「三方無共識，會後將各自表達發言意見」，由土地開發總隊彙整後送交柯文哲市長。
此決議與「公民團體在會中已逐漸說服兩大地主：1、中華電信願意考慮接受替代方案進一步協調；2、國產署希望等值換地或對容積移轉是否等值有疑慮。」的進度顯有落差，刻意漠視方案可行只需進一步溝通的事實，李得全局長強勢主導、否絕楊重信召集人提出之「將重劃工程變更設計、D區中止工程，待南港第三期市地重劃工作完成後，再行加減帳處理」的南瓶、第三期市地重劃脫勾處理之「前提」。並不願將此協商方案前提列為會議結論。
儘管今日專案小組會議並無結論，但仍依柯市長指示，於兩週內研擬出「全區保留」可行性方案，並呈送給市長，守衛隊期盼市長能徵詢各局處及相關府外專業學者之意見，繼續就專案小組評估之可行性方案的後續執行工作努力，達到「南港瓶蓋工廠，全區保留」的承諾，給孩子一個透過公民參與實現文化資產保存的美好歷史。
對於【南港瓶蓋工廠專案小組會議】的結果，守衛隊發表幾點聲明如下：
守衛隊非常感謝柯文哲市長願意傾聽民間團體的聲音，指示由楊重信教授為專案小組召集人，利用兩週時間，研擬南港瓶蓋工廠全區保留之可行性，展現柯市長為實現選前「全區保留」承諾之誠意。會後地政局長主動要求擔任共同召集人，楊重信老師基於對李局長的尊重，同意兩人擔任專案小組共同召集人。
南港瓶蓋工廠「全區保留」依然是守衛隊與各界關心南瓶文化資產的最終目標，專案小組經過七天的努力，研擬出四種全區保留的可行性方案，期盼能在各方都不損失利益與不影響南港區第三期市地重劃權益、期程的前提下，達到南港瓶蓋工廠全區保留的目標。
對於專案工作期間各項需要地政局的資料協助，均遭到地政局消極不配合、不給資料、推拖延遲的態度，專案小組表示極度不滿，認為地政局有怠惰之嫌，並未依照9月22日市長成立專案小組的指示，給予民間團體相關支援，尤其地政局長李得全在9月22日柯市長公開表達「若全區保留沒結果，則10米計劃道路不開闢」的明確指示下，卻於會後獲楊重信老師同意擔任共同召集人後，對媒體發佈「10米計劃道路考慮暫不開闢」的錯誤會議結論，甚至土地開發總隊更找來當地反對保留瓶蓋工廠的里長與里民⋯等無直接利害關係人參與會議，全程不斷阻撓楊重信教授發言，阻撓全區保留方案之研討，相當惡劣！顯見地政局對南瓶全區保留一事，立場明顯偏向不保留，完全不適合作為專案小組之專責單位，市長應對此事進行調查並發表聲明。
柯市長原本指示成立專案小組有機會為臺北市創下民間推行、市府配合的文化資保存絕佳的合作範例，共同留下屬於全臺灣的珍貴文化資產，實屬美事一樁，沒想到都發局、文化局、交通局及地政局在專案小組中，消極配合民間團體進行研擬，一味提出保留方案「困難」之處，而非共同努力、積極尋求解決方法，未遵照柯市長之「全區保留」專案意旨執行，完全沒有實現柯市長的全區保留承諾的誠意。甚至週一（5日）中華電信在會中表示「若南港機房可以原地保留，願意接受就專案小組所提出之換地方案進行討論。」沒想到土地開發總隊竟在會後積極遊說中華電信拒絕接受民間換地方案。對此守衛隊表示強烈抗議，要求市府內的幕僚切勿繼續扯柯市長的後腿，應秉持為民服務的宗旨，進行全區保留的專案研擬作業。
中華電信曾於5日會議中，對於保留方案C的可行性表達可以接受並持續討論，守衛隊對此表示肯定，且明白中華電信機房遷移之相關問題的困難，並期許能持續溝通，討論出一個雙方都能不損失權益的解決之道，為留下瓶蓋工廠共同努力。同時守衛隊也提醒，中華電信在D2重劃的土地上有逾百株樹群，自成森林，按照103年10月16日第9次樹保大會之決議，南港瓶蓋工廠除了16株因計劃道路開闢而必須移植之樹木外，其餘256株樹木（受保護及非受保護樹木皆同）都是「原地保留」，若後續中華電信遷移北流電信機房至南瓶，勢必會遭遇環保團體、護樹團體之抗爭，請審慎考慮之。
國產署因與會人員層級並未授權可做任何決策，導致保留方案的各種可能性之後續討論均無意義，相當遺憾，守衛隊在此呼籲國產署高層應出面參與協調，共同努力，為全國人民留下南港瓶蓋工廠這塊屬於全國人民的珍貴資產，而非未來將土地變賣換成有形的鈔票。
針對郭南山等三位私地主未參與第二天的會議，守衛隊感到遺憾，由於私地主之土地位置緊臨歷史建築，2015年3月17日第67次文資會已附帶決議「新建物應與歷史建築保留適當退縮空間，建物高度應避免對歷史建築產生壓迫感，以利保存範圍區域將來活化利用和景觀形塑。」且早年土地座落位置原本為埤塘，未來若進行開發，勢必影響自身安全與旁邊歷建的安危 ，成為松菸第二，可依新的文資法規定處罰及輿論譴責，文化局等單位亦需負起相關責任；為避免松菸古蹟的慘劇再度發生，守衛隊準備相關資料，期盼在柯市長的安排下能與私地主進行協商，將郭南山等人的土地以交換抵費地的方式換地，達成全區保留的目標。且未來若全區指定為文化景觀，私地主的開發權益將嚴重受損。
守衛隊同時強烈譴責臺北市文化局對於文資保存的態度之惡劣，難以令人信服，應以文化資產保存為己任的文化局，在南瓶爭議中一直是問題最大的單位，不管是黑箱文資審議、為土地開發總隊縮小文資保護範圍背書或歷建損傷卻無相應措施，再再顯示了文化局長倪重華及副局長田瑋嚴重失職，早已不適任臺北市文化局長及副局長，如果柯市長繼續任用如此無能的局處長，將會帶領臺北市進入文資的蠻荒時代，請柯市長嚴重看待此事，避免松菸古蹟或南瓶文資審議的爭議再現。
南港瓶蓋工廠守衛隊最後重申：南港瓶蓋工廠全區保留計畫案，原本可以成為柯市府實踐「開放政府」、「公民參與」、「改變成真」的成功案例，卻在地政局操控「假民意」進行打壓、文化局怠惰不作為的情況下，柯市長原本可以保有的誠信，就這樣被官僚體系給聯手出賣了！
再次呼籲柯市長務必審慎看待與考慮，專案小組已經將全區保留研擬出四種方案，請柯市長親自召開第二次市長座談會，提供民間團體當面向市長簡報溝通的機會，不要為逞一時之快急著解決問題，而遭「一開始就準備讓整個案子破局」的有心幕僚誤導，做出無法挽回的錯誤決策！
最後守衛隊必須再次重申，若D區（南港瓶蓋工廠）的工程無法確保中止，市府不願展現誠意與民團建立互信合作的基礎，則後續與地主之協商皆無意義，請市長慎重考慮。
以下為【南港瓶蓋全區保留專案小組】研擬之保留方案：
南港瓶蓋工廠守衛隊暨民間團體主張南港瓶蓋工廠全區保留。
南港瓶蓋工廠全區保留方案與南港區第三期市地重劃作業脫鉤處理，除南港瓶蓋工廠用地（D區）重劃工程在不影響市地重劃工程進度之前提下，變更部分重劃工程設計，中止所有拆除工程，以及D區街廓內道路用地及公園用地之公共設施等闢建工程施作，並納入重劃工程財務結算加減帳處理外，其餘重劃作業持續依原進度進行至完成為止。
請市府對外宣布在南港瓶蓋工廠全區保留方案未達成協議前，持續停止南港瓶蓋工廠重劃工程之進行。
國有財產署配地之取得建議採容積調配方式辦理。中華電信公司配地與機房分開處理，配地之取得優先採容積移轉方式辦理，不成時再考慮換地；換地建議考慮B區抵費地、BR-1臺鐵調車場回饋建地、BR-2國產實業回饋建地等及其他鐵路沿線可能提供之回饋建築用地。機房建議原地保留，有關機房用地都市計畫變更及相關事宜，後續再行協商辦理；若原地保留有困難時，再請市府協調提供適當土地供中華電信公司興建機房之用。郭南山等3位私地主配地之取得建議以B區抵費地做交換，若協調不成，再考慮保留原地，但應遵照2015年3月17日第67次文資會之附帶決議：「略以，新建物應與歷史建築保留適當退縮空間，建物高度應避免對歷史建築產生壓迫感，以利保存範圍區域將來活化利用和景觀形塑。」，以及與瓶蓋工廠保存區之工業地景相調和。
建請一位副市長召集成立跨局處「南港瓶蓋工廠全區保留方案推動小組」，儘速與國有財產署、中華電信公司、以及郭南山等3位私地主展開協商，達成協議後，簽訂行政契約，取得南港瓶蓋工廠保存區土地，並確保各方權益。
請文化局依文化資產保存法，辦理登錄南港瓶蓋工廠為文化景觀事宜，將南港瓶蓋工廠全區登錄為文化景觀、擬訂「南港瓶蓋工廠文化景觀保存維護計畫」，並申請個案變更南港瓶蓋工廠全區為「南港瓶蓋工廠文化景觀保存區」。
請都市發展局辦理「南港瓶蓋工廠文化景觀保存區」都市計畫個案變更事宜。
請地政局、都市發展局以及財政局合作辦理「換地」、「容積調配」或「容積移轉」等事宜。
建立民間參與「南港瓶蓋工廠文化景觀保存維護計畫」以及「南港瓶蓋工廠文化景觀保存區計畫」之規劃、計畫實施、以及監督之機制。
