民進黨立院黨團總召柯建銘將在最近出版新書「大局承擔」，針對遭到「時代力量」批判的會計法修正案，他在新書中披露真相，一位橫跨扁、馬二朝的重量級政務官，找上他柯建銘直言說「總召，我為了特別費被調查，必須吃安眠藥才能睡覺，快得憂鬱症了，黃世銘（時任檢察總長）一直不放過我，連紅白帖也一張一張查，這是制度問題，你應該幫忙設法修法」。
當時柯建銘致電總統府秘書長廖了以，他說「連德高望重的政務官都被判刑，這還可以看嗎？」希望府方也支持這項修法。
他表示，行政院首長特別費除罪化能通過，是因為阿扁國務機要費案被判無期徒刑已經確定，達到追殺陳水扁的目的，國民黨才同意除罪化，順便也為他們自己人解套。
柯建銘表示，剛開始會計法修法，兩黨都在試探，有人提議乾脆逕付二讀，但他認為這種爭議案件不宜直接逕付二讀，一定要照一讀、二讀、三讀的法定程序來進行，讓朝野有充分討論。
他澄清，2012年5月2日，立院財委會由國民黨立委盧秀燕主持，會計法修法通過。討論過程中，沒有任何一個立委表示反對，「大家都不講話，一片靜悄悄，委員會因此決議全案保留送院會朝野協商處理。」
他指出，會計法修正條例在最後協商階段，立院提出三個修正版本，由總統府五人小組在5月27日討論定調後，經行政院整合單一版本法條，送朝野協商，三讀通過的就是行政院所提的內容，沒想到卻漏了「教」字，輿論一片撻伐，柯建銘瞬間成了替罪羔羊。事實上此案明明在民進黨團會議，是經由黨團同意才協商簽字的，結果有同志上電視節目指「不知情」、「不支持」、「不瞭解」。此舉也遭到柯建銘打電話痛罵，那端傳來「總召，歹勢，歹勢啦！」
此案經由行政院提覆議，一切回歸原點，直到2014年顏大合接任檢察總長。主導最高法院刑庭作出統一見解，許多教授才得以不被追訴貪污罪而重判。
事後，柯文哲重批，「學術界沒人開槍反擊不合理的法律，選擇默默接受，知識份子太軟弱」，這件事最後竟意外成為柯文哲的從政契機。
