海基會前董事長洪奇昌在兩岸議題的言論，屢遭黨內爭議，讓外界將其和民進黨新系劃上等號，新潮流系近日找洪奇昌商談，雙方仍無共識，洪奇昌今（21）日下午接受中央社訪問時證實，新潮流在上週告知要重組並將他除名。他強調，「大家還是兄弟、朋友，不是自家人。」
媒體報導指控，洪奇昌與前陸委會主委蘇起走太近，而將他從新潮流系除名，這種說法，對蘇起而實在太沉重，「台北論壇只是一個學術團體」。
洪奇昌今天下午表示，大約在上週四、五，新潮流系總幹事利錦祥告知，新潮流系要重組，希望洪奇昌不要留在團體內。他說，新潮流有政治考量，在政治考量下所做的決定，就是「政治」，他也不好說什麼，新潮流重組有新人要進來，因此不希望造成新潮流的困擾，但大家還是兄弟、朋友。
洪奇昌是新潮流系大老，但最近幾年已淡出派系運作，並活躍在兩岸之間也經常參與兩岸論壇。他對兩岸議題發言，經常被外界看作是民進黨或是新潮流系的看法與立場，去年在北京他曾公開表示，「民進黨不宜也不應該追求『法理獨立』，『台灣共和國』，認為這不是一個可以落實的目標」。
洪奇昌當時也以兩性關係比喻兩岸關係，「大陸和台灣如同男女戀愛，男生追求女生要讚美女生，買禮物，還要哄哄她、騙騙她。」，像這類說法，嚴重造成新潮流系的困擾，經過多次溝通但都未有。
洪奇昌最近幾年和力主「九二共識」的馬政府前國安會秘書長蘇起在兩岸議題上互動頻繁，也加入蘇起所發起的「台北論壇」，常讓其個人主張，被解讀為新潮流意見，綠營內對洪言行常有質疑，新系內，早積累不少對洪的情緒。至於和蘇起「走太近」，洪說，這項指控太沈重。
洪奇昌說，新潮流作為一個政治團體，雙方在政治場域的論述方式不同，加上黨內其他不同政治團體的壓力，雖然他不再留在新潮流中，但與新潮流系的成員，大家都還是朋友。
