農業補貼和關稅減讓一向是國際經貿談判的爭議焦點，而美國更是農業補貼大國，(農業每年平均得到政府直接補貼達164億美元，佔農場凈收入的24% )。由於實施農（漁）業補貼造成市場扭曲、资源的配置不合理、財政負擔、資源枯竭等缺失久為各界所詬病，去年底召開的第十屆WTO部長級會議終於決議在2018年前全面取消農產品出口補貼。而台灣現行與世界貿易組織(WTO )規範相違背的農（漁）業補貼如：稻穀保價收購、肥料價差補貼、機材價格補貼、電費補貼、漁船用油補貼等，新政府想要順利加入FTA，RECP，TPP就必須對過時和不當的農（漁）業政策、經費和農（漁）業補貼進行大幅度改革，不能再藉故拖延。
目前國內實施之農業補貼造成龐大財政負擔、降低農地利用效率、農地閒置甚至荒廢等缺失，也不符合WTO規範確實需要修正。然而根據新政府主張將把現行糧食保價收購政策改為採保價收購與綠色對地給付雙軌進行，農民可自由選擇，是否衍生新的弊端以及因墊高地租影響農民承租意願與能力引發關注。農業補貼重點在人不在地，何況對地給付的對象究竟是地主還是承租農戶新政府並未做清楚說明，國內過去實施旱災休耕補貼即因此造成承租農戶極大反彈；南韓先前實施以地主為農業補貼對象時亦引起佃農極大抗爭；還有當稻米價格回歸市場機制一旦價格發生重大變動時政府如何因應？如何避免對地補貼政策的受惠者落於大型農場主和農業企業而非小農，這些新政府事先需有詳細規劃評估與農民充分溝通才不會橫生枝節。
配合未來國際經貿談判需要，美國政府係運用現代金融保險的「間接」方法，代替過去傳統商品市場「直接」補貼的手段，政策取向也開始由保產量逐漸過渡到保收入；歐盟則實施生態農業發展補貼政策兼顧生態環境保護和提高農產品品質；中國實施農業職補貼對象為土地承包者，非實際耕作人，降低務農的積極性；日本政府這些年雖然持續推動直接給付措施，但是在實際推動過程也遭遇到諸多困難，目前實施的是「日本型直接給付」屬多功能性直接給付包括：改善資源給付、坡地與山區農家的直接給付、環境友善農業直接給付等，即便在完成 TPP基本協議後，日本政府為預防取消部分農産品關稅，外國農産品將大量流入，可能導致日本國內農産品價格下跌，進而拉低農戶收入，計畫成立「TPP保險」制度，在農戶實際年收入出現減少時透過保險金加以補償來穩定農民收入；中國官方亦積極探索農產品價格形成機制與政府補貼脫鉤的改革，由普惠制向帶動式轉變，優先扶持規模農業，逐步建立農產品目標價格制度。為了發揮農業多功能效應避免茲生弊端，各國對農業補貼多採取「堆疊」（Stack）方式如歐盟規定若農場只符合交叉配合事項及動物福利只能領取70%的直接給付，必須再符合綠化條件才能領取100%的直接給付，而非如新政府所主張的「雙軌制」風險高。
未來新政府若要推動對地補貼除了針對價格風險、補貼對象、農業結構、補貼上限、基礎資料建立等，事前需要有完善的配套與農民充分對話溝通外，更應根據我國產業及市場實際情況制定多元配套機制包括：農業申報機制、農業保險、綠色給付、農業會計制度…等，才能真正達到保障農民所得並確保糧食生產功效。
