台灣社會有人常有「蔣經國情結」，認為蔣雖高壓統治，但也做到經濟發展，然而在「轉型正義」的論述中，此種觀點遭學者否定。學者研究指出，「評估加害者的功過，既錯誤也誤導」，「因為無論那人有多少功勞，一個人的罪仍就是罪。甚至許多判決都指出官員的刑罰應該加重，因為他們知法犯法」。
學者指出，「如果可以功過相抵，那麼大概諾貝爾獎得主殺人都可以減刑，甚至免罰。豈不荒謬」？
學者也強調，「受難者除罪化」是刻不容緩的事情，尤其很多長輩年事已高，不可辜負受害者及其家屬對天光的期待。
民進黨立院黨團推動「促進轉型正義條例」立法，針對台灣的轉型正義要如何做？東吳大學哲學系教授陳瑤華與華梵大學哲學系助理教授龔維正今（23）日在台灣教授學會主辦的「轉型正義與法律」研討會發表論文《正義的轉型與轉型的正義？》，提出以上觀點。
陳瑤華也提到，反對轉型正義者大多忽略過去的體制對人權、對人的特質期盼，以質疑實證法，來合理化過去加害者的所作所為；此外轉型正義也不能被視為是不同政治陣營的角力，而是維護人的道德、尊嚴最起碼的作為。
針對台灣處理轉型正義的可能模式，兩人也列舉轉型正義的六項工作，包括「立法規定由國家成立真相與和解委員會」、「受難者除罪化」、「追訴與審判加害者」、「立法規定可推斷為情治單位涉案的林宅血案、陳文成案重啟調查」、「追討國民黨的不當黨產」、「在補償方面適度調整，尤其是處理除罪化後，土地、公司股分及其他有形、無形財產歸還的問題」。
關於成立真相與和解委員會，兩位學者指出，白色恐怖時期至今沒有責任歸屬的官方報告。不是僅有一般性的究責報告，需投入資源，結合目前民間的口述歷史，供民間學者去解讀每一案件的加害與受害史，包括受害者家屬受到傷害的故事。
此外，若賦予委員會「特赦」權，則不能給予違反國際法的人權侵害者特赦。
至於受害者「除罪」該怎麼做？二人建議，可由檢察總長向最高法院提起非常上訴，由相關人員聲請違憲審查，以審核當時適用的法令，包括《動員勘亂時期國家安全法》、《動員勘亂時期檢肅匪諜條例》、《懲治叛亂條例》、《刑法》100條等有無違誤。
二位學者強調，「賦以受害者追求真相與正義的權利的法律方法，就是給予法源法理、主動提供救濟服務，而不是剝奪這個可能性」。
二人也提到，檢察總長或大法官容易被有行政大權者利用，或與之暗通款曲，為極權錯誤護航，「對此，就提告檢察總長/大法官違反人權等罪名」，轉型正義就是把司法、行政、立法三權的掌大權者的犯罪免罰金牌給移除，「移除越多，轉型正義越成功，人權與民主就越深化」。
至於林宅血案與陳文成案重啟調查，學者認為，這二個案子的真相與加害者一直被掩蓋，「是台灣型求致死與暗殺最為人所知的案件」，此兩案「不僅涉及追究情治機關涉案人責任，而是需要揭開一直未曾揭開的情治系統的組織犯罪機制」。
