新政權即將於520就任，針對司法改革的議題，亦提出以司法消費者為出發的改革方向。雖然目前對於所謂司法消費者的內容，仍屬虛無飄渺，但觀1999年的司改會議，不僅由法律菁英所組成，更是以審判結構的改變為主軸，卻忽略了一個相當重要的部分，即鑑定制度的檢討與改革。如此重要的制度，肯定不能再被此波的司改浪潮所沖散。
現代司法，尤其是刑事司法，動輒講求科學辦案、科學證據，以來改變過往所強調的被告自白。只是所謂科學證據、科學鑑定，到底有多少科學性，卻一向沒有被仔細檢驗。以刑事審判常見，且為不少司法人員所深信的測謊報告來說，卻可能只是披著科學外衣的偽科學。因測謊的有效性，乃基於以下前提，即人的所言真假能夠引發特定的生理反應，且在個人無法自我控制下，這些反應可以被儀器所測知，並為專家所判讀。
只是施測者的專業性與否、儀器運作是否合於標準、施測環境是否正常等等，皆會影響受測的結果，又在每個人的生理狀況皆不同下，如何能為有一致的判定基準、又有誰能制訂此一標準，都在在是個疑問。如與其他科學鑑識技術，如DNA相較，由於此種鑑定不具有上述的干擾因素，不僅準確性極高，也可由其他專家依據相同程序為檢視。相對而言，由於測謊無法排除諸多的干擾因素，致不具有科學所強調的再現性，也因此之故，而無法檢視過程與結果的正確性，致成為測謊鑑定的致命傷。
雖然對測謊有諸多的質疑，但我國刑事司法實務並不排除此種證據，在施測空間為偵訊者所掌控，而受測者處於孤立下，即便是無辜者，其身心果能保持正常？且現行施測，往往是在檢方認為被告不說真話或不認罪時為之，則在未施測前，施測者即可能存有先入為主的偏見，致難保證其客觀性。若被告仍堅持不認罪，即難逃測謊未過的宿命，致等同是變相的自白，能有多少證明力，實已成疑。
而另一個明顯的例子，即是近來確定且纏訟達十年之久的南迴搞軌案，此案的重要關鍵，即是死因鑑定報告。而在此案中，除了法務部法醫研究所外，總共委請四家教學醫院為鑑定，而法醫研究所從一開始，即未認定死者是由蛇毒所致，而僅驗出抗精神疾病的意妥明（ETUMINE）藥物成分，死亡原因乃是一個相當繞口的專有名詞，即「多重創傷性傷害」（multiple traumatic injury）所致，如此的結論，從一開始即未被檢方或法院所採。
而課不容緩之後再送去鑑定的四家教學醫院的報告，雖也認為死者本身僅驗出有意妥明的成分，卻也註明無法排除其他化學品中毒的可能，此一結論，成為檢方與第一、二審法院據以認定死亡的重要原因，並成為判處被告殺人罪最重要的證據。因此，第一、二審判決被告的理由，似乎頗有依據，且在四對一的多數優勢下，法醫研究所的報告似乎就不是那麼重要。惟此案審理的各級法院，似乎都忽略了一個關鍵問題，即關於致死原因的判斷，是否可以多數決來決定？
更扯的是，此案更一審時，合議庭雖然再請法醫研究所為鑑定，而排除蛇毒致死的結論，卻又認為，死亡原因是在酒精加上意妥明產生中毒現象所致，而得出仍屬他殺的結論。如此的鑑定報告，不僅與法醫所之前所做的結論相異，且在某種程度，也等於是在眾多的鑑定報告得出一個公約數，實欠專業，更屬草率，也逾越了鑑定報告只為科學鑑定，而不得為法律評價的本分。
也因此，對於目前鑑定制度的改革，除了有必要設立一個國家級的鑑定機構，以來為鑑定人執照與鑑定實驗室的核發外，對於目前鑑定者多為公機關，致易受檢方所掌控或影響，致難保持公正性的現況，就有必要肯認私鑑定的合法性，即專家證人的引入。而在引入此等制度之同時，考量費用驚人，也有必要為法律扶助之強化。由此看來，鑑定制度的改革，不僅不能被忽略，也牽動著司法制度的整體翻轉。
