本月初遭民進黨立委段宜康臉書砲轟「提醒」，衛福部發言人王哲超今天宣布國民健康署長職務調整，署長邱淑媞6月14日起調任衛福部桃園醫院師一級（相當於公務人員十職等以上的簡任官）醫師，外傳可能接任人選是花蓮慈濟醫院心蓮病房主任王英偉醫師，不過王英偉醫師現在國外，恐月底回國後才會布達。
至於衛福部是否刻意趁邱淑媞人在國外時宣布這項異動？王哲超說，人事異動調整都是日前就已經談好，不是趁邱淑媞出國發布，且就他所知，邱淑媞尊重長官的安排。至於新任署長人選則尚在徵詢中。
邱淑媞此時調職是否跟段宜康給部長的「提醒」有關？衛福部強調，主管的職務調整是通盤考量決定。
而傳聞即將接任國健署署長的王英偉醫師，現年60歲，畢業於台大醫學系，同時也是美國杜蘭大學公共衛生熱帶醫學碩士、公共衛生博士，歷任台大醫院家庭醫學科住院醫師、台北醫院主治醫師、花蓮慈院家庭醫學科主任及國民健康局副局長，現則為花蓮慈院心蓮病房主任，致力安寧療護工作，為人謙和，相當受到同仁與學生好評。
過去邱淑媞一直被外界認定是標準馬家軍，即便SARS期間因著全套隔離衣進入和平醫院挨批，最後因處理疫情不當而請辭，但卻無礙其在政壇上的發展，不但曾出任馬英九總統競選總部發言人，後來還被拔擢至衛生署擔任國健局局長，衛福部成立後又續任國健署署長至今。
這次邱淑媞又成為話題人物，肇因於陪同部長林奏延參加世界衛生大會年會（WHA）時在媒體上大量曝光，隨後民進黨立委段宜康六月初就在臉書上公開「提醒」林奏延部長，因而引起輿論注意，當時段移康的臉書上這樣說：「提醒林奏延部長：這位女士還是衛福部國民健康署的署長。事務官受公務員任用的保障；但也得受政治和行政中立的規範。如果要代表政黨參選，就應該先退休或辭職。就算當事人臉皮厚；換政府後，至少也不該讓這種人繼續擔任機關首長吧！」
隨後，邱淑媞也在臉書上回敬：「…媒體說這是政務官參選，但其實不是。我是公務員，而不是政治任用的政務官(政務官通常是部長、次長以上的職務)。健康署並不是部會，而是在衛福部底下的附屬機關。…法令明文規範了公務員的參政權，包括加入政黨與參選。…公務人員的任用與升遷，也都有國家制度與法令規範在。若認為法令不合適，可以修改法令。擁有權位的人，要如何行使權力、如何對待不同族類，是一回事。但，我自己一切遵照國家制度做，不去預設別人會如何。這是我對臺灣民主的珍惜與尊重。」
