此回海軍發生雄三飛彈誤射事件，適逢蔡英文總統出訪中南美友邦，由於國安會秘書長吳釗燮隨行出訪，危機處理稍嫌曲折，值得討論。根據媒體，國防部長馮世寬在確定誤射後，隨即向國安會負責國防業務的副秘書長陳文政、及代理吳釗燮的副秘書長陳俊麟回報，由後者通知秘書長吳釗燮，再由吳面稟總統。蔡英文當下指示國安會、及國防部務必妥善因應，並且在僑宴結束後立即召開臨時國安高層會議，聽取陳俊麟報告，下令以最快的速度查明真相、徹底檢討。
在國內方面，行政院長林全在接獲國防部長馮世寬的電話後，也要求國防部、陸委會、及外交部等相關單位到行政院報告。等到確認船難後，林全再指示副院長林錫耀、及國防部副部長李喜明南下處理相關事宜。在這同時，陳文政與陳俊麟在國安會已經先召開過緊急會議，以因應各種可能危機，同時也與國防部熱線聯繫，並不斷將最新發展的情況彙報人在洛杉磯的高層。幸好總統不久返國，馬上聽取國家安全會議與國防部進行簡報，危機結束。
我們比較關心的是，總統出訪，職務代理人是副總統，為什麼從頭到尾沒有看到陳建仁召開國家安全會議、或是出面安撫人心？萬一中國誤判情勢對台灣發動反制、或是藉機生事，難道必須仰賴總統在海外指揮調度？不禁令人質疑，篤信天主教的備位副總統除了鞏固與教廷的關係，又有何種功能？究竟是人在國外的總統自信可以遙控、還是不放心把國安事務交代副手？既然此行的重點是凸顯「踏實外交」、不在國安，為何隨同總統出訪的是國安會秘書長？
美國在2000年發生911自殺飛機恐怖攻擊事件，兩架民航接連飛撞南北兩棟世貿大樓，第三架攻擊五角大廈，國防部長失去聯絡20分鐘，而第四架判斷衝向白宮，岌岌可危，戰鬥機待命擊落。當時小布希總統人在佛羅里達，白宮由副總統錢尼留守、加上國家安全顧問萊斯輔佐，兩個人躲在地下的緊急作戰指揮中心，總統的電話訓令斷斷續續，幸好，這架飛機因為組員與恐怖分子同歸於盡提前墜地，才沒有在首都釀成更多的傷亡。
一般而言，美國總統出訪很少帶著國家安全顧問上空軍一號，除非任務與國安有關通，因此通常是由其副手隨行。回到國內，我們必須思考究竟國家安全會議的功能是什麼：協調國安相關單位的幕僚單位、相當於部會的總統府國安辦公室、還是總統的決策核心？誠然，每總統有不同的風格，不拘形式，可以按照編制召開國安會議，不耐煩人多口雜的也可以縮小成員（也就是所謂的「國安高層會議」），當然也可以擴大出席成員，連總統府秘書長都納入。
國安團隊是新政府最早確立的國王人馬，也就是禁衛軍所保護的高層。蔡英文總統找來過去在國安會的舊識林碧昭擔任總統府秘書長，表面上看來位高權重，此番並未發揮其長才。由目前的運作看來，國安會壓過外交部，吳釗燮有點像是尼克森擔任總統時的季新吉，先是擔任國家安全顧問、後又兼任國務卿，呼風喚雨。至於國家安全會議諮詢委員，以綜合性安全為由標榜經濟合作、資訊安全、國防自主、公民社會連結、及民主深化，說穿了就是親信。
總統決策信任國安幕僚，那是天經地義。美國總統決定跟古巴恢復邦交，是由國家安全副顧問羅德斯（Benjamin J. Rhodes）出面，國務卿凱瑞（John F. Kerry）一開頭被蒙在鼓裡。美國的國家安全會議由杜魯門總統推動設置，特別要求副總統與會，主因是他在羅斯福總統病逝後真除，什麼都不知道，包括美國已經發展原子彈成功，因此不希望重蹈覆轍。看來，我們的總統似乎還是對於自己的搭檔戒慎小心，可能是身邊的人電視影集《副人之仁》（Veep）看多了吧！
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