從代理部長姚立德手上接下印信，吳茂昆正式接掌教育部。因管中閔案請辭求去的前教長潘文忠則缺席交接。面對這個燙手山芋，吳茂昆只說還要再了解。
這番話，恐怕也代表台大校長聘任案還得再拖一段時間，但藍營「圍吳救管」，火已先燒向新部長吳茂昆。爭議連環爆，包括台美雙重國籍、甚至曾在中國中科院擔任顧問委員，中國西部超導擔任技術顧問等，還創部長上任第一天就被告的紀錄，東華大學教授王純娟，怒告吳茂昆在擔任校長期間，溢領學術研究費涉嫌貪污。
面對諸多指控，吳茂昆前一晚先發8點聲明自清，趁交接典禮更親上火線闢謠。
「我只能說是一些莫須有的指控，我跟中國沒有所謂合作，我都是把我的專業，去跟他們做學術研討交流，或者是給他們一些意見參考，從來沒有在那邊任過教職，或承擔任何的職務。中國很多的單位其實對我非常尊重，不是只有我的專業，因為我是中央研究院院士，我是美國科學院的院士。」──新任教育部長 吳茂昆
吳茂昆霸氣反控相關傳言是「莫須有」，68歲的他成為最年長的教育部長，也是台灣第一位諾貝爾獎提名人出任教育部長，外界也等著他盡快交出成績單。
（民視新聞／曾偉旻、呂炯緯、李佳泓 台北報導）
