一般檢測愛滋病毒的方式是檢視體內是否有HIV病毒的蛋白質外鞘，這則是我們常稱的「檢查是否人體已經對愛滋病毒產生了抗體」。在空窗期，愛滋病毒的RNA並不會干涉正常細胞的DNA作用，只是單純的存在於細胞中，這段時間因病毒位進行反轉錄，所以無法檢驗出愛滋病毒蛋白的存在。
因此，可藉由抽血進行RT-PCR，來檢測人體體內是否已存有愛滋病毒的RNA。所以以RT-PCR進行AIDS檢驗可說是具有相當高的敏感度。
但也由於PCR非常敏感，因此造成準確度下降，同時也不被認為是好的愛滋病毒檢測方法，建議還是在空窗期過後重複檢驗，以保心安。
