受新冠肺炎疫情影響，國中教育會考首度舉辦補考，預計有293名考生參與，其中292人在大陸考場，主要是大陸3所台商子女學校的學生；1人在台灣本島應試，這名考生在第一次會考期間處於「居家檢疫」狀態，無法參加考試。
台師大心測中心副主任曾芬蘭表示，補考採用難易度相同的第二份試題本。
過去大陸考場試卷，都是在台灣印製，再送往中國大陸，但今年受到疫情影響，改為提供加密電子檔，直接在大陸印製試卷。
教育部表示，考量109年大陸考場使用的試題本和台灣考場不同，當考生能力達到各校錄取標準時，將以「外加名額」方式增額錄取。
