萊豬進口後，台北市長柯文哲受訪又觸及另一項敏感議題，指蔡英文總統曾允諾處理核食進口，2018反核食公投卻不見蔡政府辯護，日方極度不諒解。總統府回應，小英第一任期並非毫無作為，但必須尊重由藍營發動的公投結果。(張柏仲報導)
柯文哲接受專訪時談到，2019年訪日時曾拜會當時日相安倍的胞弟岸信夫，對方向他抱怨，小英總統曾經答應處理核食進口議題，不過2018年反核食公投卻不見蔡政府出來辯護，讓日方氣炸了。
總統府發言人張惇涵對此表示，在蔡總統第一任期時，確實針對日本食品進口進行討論，當時行政部門也有就相關專業做說明，非如柯文哲所說沒有任何作為；但也因為國民黨發動公投，政府部門必須尊重公投結果、依法行政。張惇涵強調，目前政府部門並未討論日本食品進口議題。
張惇涵也表示，總統在公開場合或非公開會面的態度都一致，沒有私下承諾。至於柯文哲轉述他和日本議員的談話內容，府方無從得知，也不予置評。
柯文哲受訪時還透露，當時日方也向他抱怨：現在尚未開放核食的國家，只剩台灣、中國和南韓。日方認為南韓是世仇也就算了，但台日關係這麼好，台灣怎麼會和中國相同標準？(圖：總統府，記者張柏仲攝)
