對於藻礁議題，有媒體報導指蔡英文總統指示立委洪申翰等人出面與環保社團溝通。洪申翰今天(10日)接受媒體專訪時表示，沒有所謂高層指派他要做什麼，他認為政府目前能做的最正向的事，就是讓大家了解所有選項的利弊得失，再做選擇；溝通也不是要摸頭，而是要把問題釐清。
珍愛藻礁公投連署人數已突破60萬，環團出身的民進黨立委洪申翰立場及角色受到關注。洪申翰10日接受廣播媒體專訪時表示，藻礁確實珍貴，能保存的應該盡量保存，當初原本整塊海岸都要開挖，現在改為離岸，基本上已迴避藻礁，確實比以前好，但有好多少、大家能否接受，就要討論，環團仍擔心會影響海底生態。
洪申翰指出，若第三天然氣接收站要重新選址，原本減少燃煤的時程就會延遲，因此，這是環保與環保間兩難的權衡。他並表示，許多投入的環保團體政治傾向當然不會是國民黨，許多連署的年輕人也支持蔡英文總統，他們只是透過連署的方式，想要政府好好說明這是否已是最好的做法，這和反萊豬的連署不同，執政黨要思考如何面對這個聲音。
因此，洪申翰認為，公投已不可能撤簽，政府接下來能做的最正向的事情，就是將所有選項的利弊得失放上檯面，讓大家了解後再做出選擇；所謂溝通也不是摸頭，而是釐清問題。洪申翰：『 (原音)現在接下來的階段，不管怎樣，進入到公投，他就會是一個大家公民選擇的問題，我們怎麼把真正會有什麼影響、不同做法會有甚麼影響要讓大家清楚了解、釐清，我說實話大家之前說溝通、溝通、溝通，我覺得溝通現在不是沒有辦法去摸頭，溝通最重要的目的是要把問題給釐清。』
洪申翰也澄清沒有人推他出來溝通，也沒有所謂高層指派他做什麼，因為他過去長期與環保團體、公民團體合作，所以在發生藻礁爭議後，大家碰面時就會交換意見。
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