公投第18案「你是否同意政府應全面禁止進口含有萊克多巴胺之乙型受體素豬隻之肉品、內臟及其相關產製品？」(反萊豬公投)若獲通過，外交部長吳釗燮表示，這是一個攸關誠信的問題，可預期將衝擊台、美貿易關係；而學者分析指出，美方將會視此為不公平貿易障礙及不友善作為，短期內可能會產生影響或衝擊，但夥伴之間本就會有不同的意見或看法，政府可從互利共榮的方向去進行更為充分的理性溝通。
針對反萊豬公投議題本身，外交部長吳釗燮認為，「如果說用一個公投的方式來處理科學議題的話，這會造成我們跟其他國家的誠信問題」。
吳釗燮表示，市場開放是對國際社會的誠信問題，美國是國際社會裡很重要的成員國，若未處理好與美國間的誠信問題，會衝擊到台美貿易關係，他說：『(原音)這個會有後續的效應，我想這種衝擊一定可以預期得到的，我們台灣要立足於國際社會，我們的誠信非常重要，我們必須要用科學的方式來處理科學的議題。』
政大外交系教授劉德海認為，美國的談判策略是上桌之前，先要對方付出down payment(頭期款)，以美韓自貿協定為例，美國先要求全部開放電影與牛肉市場，「你這兩個達標之後，我才開始願意談」，由此而言，如果萊豬進口成為障礙，台美貿易相關談判可能就沒有下一步。
台灣智庫副執行長董思齊表示，反萊豬公投若通過，會影響美國農產品進入台灣市場，從美方的角度而言，一定會覺得這是不公平的貿易障礙，也認為這是不友善的作為。
但董思齊認為，反萊豬公投若通過而造成台美貿易摩擦，「短期內可能會有一些影響或衝擊，但長期來看，這個過程對民主國家來講非常重要」，因為它將進一步深化與堅實台灣的民主，董思齊說：『(原音)公投是台灣民眾爭取非常久的權利，千萬不要把它變成只是一時之間政治目的工具，而是要更嚴肅地來做公民探討及做公民民主的教育和深化非常好的機會，要用這樣的態度來面對它；更重要一點是，人民的意志事實上會隨著時代、時間、科技的改變而會有不同演變，所以也不要把現在的公投結果，當成一個好像局勢翻轉或怎麼樣。』
董思齊強調，我國是民主國家，必須透過選舉通過選民的檢驗，「我們不可能說做任何事情，都是只思考著外交方面滿足了其他國家的需求，更重要的還是要先獲得民眾的支持及授權，才能去跟其他國家進行更實質的交流」，因此，政府一方面應更努力跟民眾溝通，同時將跟民眾溝通的結果，如實與其他國家溝通，在取得理解之下推動更務實的交流合作。
董思齊指出，台美溝通管道一直非常順暢，不僅立法部門一向支持台灣，行政部門也邀請台灣參加民主峰會，可知美國不會懷疑台灣是其堅實民主夥伴，但夥伴之間會有不同的意見或看法，因此如何從雙方互利的方向來思考，並進行更充分的溝通就很重要。
董思齊表示，台灣經歷民主轉型、民主鞏固到民主深化這個階段，民主的成果與先進民主國家一樣，都受到世界矚目，「因為他們也走過類似的路程」，所以透過理性溝通、即時反應我方內部需求與民意狀態，並共同尋求互惠共榮的方式，會是民主政治繼續向前邁進的重要一步。
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