國民黨立委於立法院質詢時，拿出台北市長候選人柯文哲於2000年所發表的期刊論文，指控台大醫院可能有未經腦死判定，即為器移植之情事，致引起軒然大波。惟問題是，依現行法制是否僅在判定腦死的情況，才能摘除器官呢？
死亡乃為漸進的過程，實很難找到確切的死亡時間點，這也是民法第6條，僅言明人的權利能力，始於出生、終於死亡，卻未在條文中進一步定義死亡的原因。只是人的死亡，涉及法律上權利、義務的變動，就必然使得法官，必須去找尋一個明確的時間界限。
關於死亡，不外就是根據心跳、呼吸或腦中樞喪失的停止為判定基準，而由於以心跳、呼吸停止為判準，不僅為一般人所熟悉，且由於其簡便性，也一直為司法實務所採。只是隨著人工呼吸系統與急救科技等的進步，有時明明已處死體狀態，卻因仍有心跳、呼吸，就因此會陷入判定上的困難。所以在腦死判斷的技術逐漸成熟之後，以心跳、呼吸為判斷基準的作法，即不再成為司法實務的主要基準。惟若捨棄此等較為簡明的判斷方式，馬上得陷入死亡判準何處尋的困境。這於器官移植時，恐更顯棘手。
根據人體器官移植條例第6條第1項，欲為器官摘除，須得到死者或其最近家屬的書面同意，且依此條例第4條第2項，在腦死判定後，醫師才得摘取器官為移植，且為防止道德危險，判定死亡與摘取器官的醫師不能為同一人。又為了使腦死判定更為客觀，衛福部亦頒佈有「腦死判定準則」，不僅詳細規定判斷程序，亦要求須有兩名醫師為之，以求慎重。甚而若是從非自然死亡的屍體摘取器官，依據人體器官移植條例第7條，還須由檢察官為司法相驗或開具同意書後，才能進行器官摘取。
凡此規範可看出，目前對於器官移植的程序乃相當嚴謹，似也要求只有於腦死判定後，才能為器官移植。惟須探討的是，所謂腦死仍屬於一種漸進過程，到底要到何種程度，才可稱為腦死，仍是有爭議的。在某些國家，如日本、瑞士等，為了防止爭議，直接在器官移植法裡，將所謂的腦死，界定為腦幹機能產生不可逆轉的喪失。如此的界定，雖然較為清楚，卻仍有模糊空間，更何況我國僅簡單以腦死為定義，就更易產生爭議。更值注意的是，根據人體器官移植條例第4條第1項，事實上只明文由診治醫師為病人死亡判定後，才得自死體為器官摘除。即關於器官捐贈者的死亡判定，腦死只是其中一種，而非唯一的方式，毋寧說，此規定更像是種綜合判斷的基準。故以台大醫院未經腦死判定，即屬活體摘除器官的指責，顯未解於現行法之規定，亦將死亡判定過度簡化。
「人只能是目的而不能是他人的工具」，這是器官移植必須堅守的原則，也因此衍生出，須得捐贈者同意，且須在其被判定死亡後摘除器官的法律規定。只是法律無法、也不能去定義人的生死，故只能留給醫學專業作判斷，致顯露出法規範面對死亡問題的有限性。所以，如何藉由這次事件，檢討與修正相關法律，以使死亡判準與器官移植程序更趨精密、科學與審慎化，實為當務之急。若不如此，則立委的指控，不過就成為選舉的口水，致無濟於事。
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