慈濟風波，衍生大家對包括宗教團體等財團法人的檢討。我國財團法人包羅萭象不勝枚舉，卻乏法律規範。
財團法人法研擬多年，由於涉及太多利益重分配，在立法院擱置十多年，行政院目前重新研析，不久即可完成，送給立法院審查。
民法有自然人及法人，法人亦具有權利丶義務。法人又有社團法人及財團法人之別，前者依是否營利或聯誼，有公司社團法人及一般社團法人。公司法及商業團體法規範營利性社團，人民團體法規範一般非營利性社團。學理上則有公法人及私法人，公法人之中，具有國家意思表示，執行公權力者，例如國家機關及地方自治機關(亦即中央政府各部門丶地方政府)，農田水利法明定農田水利會是公法人。
中央政府組織基凖法明定行政法人，具有公權力，但不濃厚，與一般行政機關區別。目前已有行政法人法，設置五個行政法人，例如中正文化中心丶中山科學院等。行政法人用人丶預算等均較彈性，可是不宜任意設立。公立大學人事丶預算彈性化，也視為大學法人，具有公法人性質。由政府部門及公營企業出資設立的財團法人，即使公部門資金超過半數，甚少視為公法人。況且我國法律並未正式區別公法人及私法人。
由政府部門或公營企業出資設立的財團法人，林林立立，數目不少。此種公設財團法人，弊端叢生，最近寄出蟲協會即是顯例。台北市病理研究中心，台糖退休員工一度掌控基金會，與台糖公司訴訟多年。公設財團法人淪為退休人員天堂，所謂肥貓俱樂部，坐領高薪，不乏部長級薪水，社會大眾頗不以為然。但是情況未加改善，因為主管部門睜眼護航，許多昔日長官，不便干預，也為自己留下後路。尤其一次預算撥付設立的公設財團法人，等於放牛吃草，成為個人或一群人的私有。政府部門務必全面清查，裁併公設財團法人。
包括宗教團體是否納入財團法人法規範，見仁見智各說各話。台灣有超過一萬五千個寺廟，善男信女人數及影響力不可低估。過去有寺廟管理規範，宗教團體如何規範，涉及宗教信仰自由，十分敏感。宗教團體接受捐款，有些財力不貲，除了募捐條例丶水土保持丶建築法令約束寺廟等宗教建築。部分宗教團體以財團法人名義設立，財團法人法的早日制定，才能規範相關捐款丶活動，符合公開丶透明原則。
國內財團法人種颣不少，常見的醫療財團法人丶各級私立學校，以文化丶社會福利丶公共利益為宗旨的社會福利機構丶文教基金會等。財團法人不以營利為目的，因此享有不少優惠待遇，但是也衍生一些問題。例如名實不符丶成為逃稅工具等。政府相關部門分別主管不同性質財團法人，包括設立要件丶宗旨丶組織丶活動丶財務丶人員晉用丶資訊揭露丶定期報告丶解散後財產處理等。
財團法人乃是一般所稱非政府丶非營利性組織，有其必要性，社會功能也已有定論。民主多元社會，各式各樣財團法人的成立，係正常現象，但是一些弊端，主管部門責無旁貸。制定財團法人法，依法規範已是全民共識，包括公設財團法人丶宗教團體設立財團法人等，均宜一併考慮。在未正式立法之前，依據民法丶相關法律命令，仍須積極作為，包括資訊透明丶財務公開丶秉持財稅公平原則等。
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