經濟部曾強調，中央發展的漁電共生原則為「養殖為本，綠電加值」，但漁電共生屢屢被爆出「假養殖、真種電」。根據審計部最新中央政府總決算審核報告指出，已查核的漁電共生案場中，近7成未落實養殖事實，主要是農業結合綠能設施未具養殖事實，與原核定養殖經營計畫不符。農業部也回應了。
去年11月，位於嘉義縣義竹鄉的台泥嘉謙綠能公司的全國第一座大型漁電共生案場，有養殖漁民表示，政府大力提倡漁電共生後，光電業者挾資金優勢在嘉義地區大量租地、買地，原先一甲地的租金只要4萬元，現在一甲地光電業者用40萬來租，導致地主根本不願意租給養殖漁戶，讓真正的漁民養不了魚。另外，在布袋養殖鰻魚超過50年的鄉親則指出，以前養鰻池周邊是鳥語花香，自從光電業者來了之後，魚塭抽排水以光電優先，導致周邊養殖池藻類、魚都死光也沒人為此負責。
審計部表示，根據漁業署統計年報指出，台灣近年養殖漁業產值自2021年的321.19億元成長至2023年的379.47億元，產量卻由27.48 萬公噸減少至26.74 萬公噸，養殖漁業從業人數及戶數亦有減少趨勢。
審計部指出，漁電共生政策推動以來，在西部沿海地區公告畫設漁電共生先行區及優先區，包括台南市、高雄市、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、屏東縣等6市縣，主要養殖魚貝類以虱目魚、吳郭魚及文蛤為大宗。
另漁業署各年度魚塭放養申（查）報資料及養殖漁業放養查詢平台統計，2020至2024年度除文蛤魚塭數、面積及養殖戶數呈現增加趨勢外，虱目魚及吳郭魚的魚塭數、面積及養殖戶數均呈下降趨勢。
審計部指出，截至2025年1月底止，各市縣已完工併網漁電共生案場393件，但僅查核122件（占31.04％），其中通過者37件，待改善及遭廢止案件85件，即未落實養殖者占查核案件數122件的69.67％，主要是農業結合綠能設施未具養殖事實，與原核定養殖經營計畫不符。
環境權保障基金會副執行長許博任表示，漁電共生要求養殖漁獲產量至少須達到原來的7成才符合養殖事實，然而農業經營變數多，即便認真經營的農民也很難達到這樣的條件，用購買飼料、魚苗的紀錄也可能涉及造假。
許博任說，縣市農業局漁業科的查核人力或許只有2至3人，要查核全部案場窒礙難行。因此環團先前建議，漁電共生案場無論室內外，都必須要有產銷履歷或養殖標章驗證，除了受驗證農產品標章管理辦法管理外，也須有一年的養殖事實才會發給標章，後續每年也都需要重新認證來取得展延，這樣的作法可解決地方查核人力短缺的問題。
對此，農業部回應，已預告增訂產銷履歷或監控設備等作為養殖事實查核工具，舊有的案場也會要求期限內取得產銷履歷驗證，一年至少到現場查核一次，盼透過具有公信力的第三方查證減輕地方查核負擔；若無養殖事實且逾期仍未改善者，市縣政府將予以廢止其農業容許處分，並通知能源主管機關處理，以汰除不良光電業者。
