國民黨立委翁曉玲提出「中央行政機關組織基準法修正草案」，要求相當三級之獨立機關正副首長，須經立法院同意後任命。對此，行政院人事行政總處表示，現行相當三級機關之獨立機關；為避免因政治性而失去專業中立；不適合改由立法院同意後任命。翁曉玲今（12日）說明，此一修法正是為了確保適才、專業、去政治化。
行政院人事行政總處表示，翁曉玲立委提案修正「中央行政機關組織基準法」第21條增訂相當三級之「獨立機關」正副首長，應先經立法院同意後任命之，並非指所有三級機關。
人事行政總處指出，，現行相當三級機關之獨立機關，國家運輸安全調查委員會、核能安全委員會、不當黨產處理委員會合議制成員，基於以下因素係由行政院任命，不適合改由立法院同意後任命：
一、三級獨立機關係基於特定專業領域設立，職能偏重技術監理、專業審查及事實查證，屬專業導向之監督管制機關。
二、且基準法第廿一條已規定，其合議制成員具有同一黨籍者不得超過一定比例，已具備基礎政治均衡性之要求。
三、其任命程序應強調回歸專業取向為主，避免因政治性而失去專業中立。
人總表示，至於相當二級機關之獨立機關（國家通訊傳播委員會、中央選舉委員會、公平交易委員會）偏重於廣納社會多元價值，處理人民重大公益事務與資源分配，直接對人民產生規制效果，影響權益甚鉅，必須充分顧及政治與社會多元價值及意見，其成員任命有受國會監督必要。
翁曉玲今天受訪時表示，所有的獨立機關，都希望他們的首長必須是專業、獨立、客觀，而且要有比較淡的政治性。現在不管是運安會，或是核安會等等這些機關，在一般老百姓的認知當中，都認為它是獨立機關，既然是獨立機關的首長，就應比照一級或二級的獨立機關首長遴選方式。那麼，經過立法院同意，也是一個正確、好的做法，也是表達對獨立機關的尊重；而且獨立機關的首長一定要適才、專業，更重要的，就是要能夠去政治化。
