有媒體爆料海軍反潛航空指揮部接連發生3起飛安爭議，包括飛行員在警戒待命時違規喝酒，以及飛行員在手術後尚未復原就執行飛行任務、擔任正駕駛時擅自離開駕駛座到後艙如廁，引發外界議論。對此，海軍艦隊指揮部回應，相關當事人已檢討議處、調查釐清中。
海軍艦隊指揮部針對所屬反潛航空指揮部肇生的違紀事件，說明如下：
一、林姓少校於警戒待命任務前酒測值為0.04mg/L，單位便宜行事，檢討議處。
二、陳姓中校「手術後仍執行飛行科目」部分，調查釐清中；另執行飛行任務期間，離開駕駛座影響飛安，暫停飛行任務派遣。
三、海軍艦隊指揮部對此深表遺憾，並表達歉意。
據《鏡週刊》報導，反潛航空指揮部的1名飛行員待命出勤卻違規喝酒，而主管知情竟未解除他的待命勤務。另1名飛行員則是在開刀後不到1星期，疑似擔心獎金受影響而連續安排飛行任務，而單位主管照樣核准；此外該名飛行員還曾在擔任正駕駛時，在飛行中直接起身到直升機後方如廁。
雖然海軍艦隊指揮部證實相關爆料，但事實上不論是反潛航空指揮部目前配備的主力S-70C(M)-1/2型反潛直升機，或是訓練用的500MD型直升機，採用並列式雙座設計的駕駛艙，都是與機身的後艙分隔、無法互通，因此飛行員在飛行途中如何能「到後艙如廁」，實在令人好奇。
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