在我們日常生活飲食當中，有大部份的人幾乎每天都會食用到畜牧產品，在這些畜牧產品中，我們將其歸類為三大類，分別是：乳類、肉類及蛋類。在乳類方面主要為牛乳及羊乳。在肉類方面又可分為二大類，分別為畜肉及禽肉。畜肉包括豬肉、牛肉及羊肉。禽肉主要為雞肉、鴨肉及鵝肉。蛋類以雞蛋最多，鴨蛋次之。依據行政院農業委員會102年農業統計年報指出，國人每人每日糧食供給量分別為豬肉99.69公克、牛肉13.27公克、羊肉2.85公克、禽肉83.92公克、蛋類46.59公克及鮮奶42.06公克。
健康的乳牛才能產出香醇健康的牛奶，健康的蛋雞才能每天產出健康營養的雞蛋，健康的畜禽，才能提供健康優質的肉品供人類食用，但是這些動物的飼養過程當中，免不了會生病，嚴重的死亡或被提早被淘汰，輕微的就以藥物進行治療。因此，藥物的使用如稍有不慎，畜禽產品就會有藥物殘留的問題。一般來說，在畜牧產品生產的過程當中，主要有三大環節與食品安全相關的，分別是藥物殘留、斃死畜禽的非法流用及病原菌的汙染。
一、藥物殘留
所謂藥物殘留即動物用藥品或含藥物飼料添加物投與動物後，在其可食組織(肉、內臟)，或其生產品(乳、蛋)，所殘存的藥物。不同的藥品有制定不同的殘留容許量MRL (Maximal Residue Level)。當經濟動物生病時，其治療的方式可分為群體治療及個體治療兩種方式。
在家禽方面，大都是以全面性(整棟或整批)的投藥方式來治療，很少針對個體動物來單獨治療。當產蛋中的蛋禽進行投藥治療時，其所生產的蛋品是含有藥物的，所以集蛋的過程中需要特別注意。
在豬隻方面，除了全面投藥治療外，也有部分進行個別治療，或是將生病的豬隻併欄一起治療，原則上個別治療的動物是可以被區分開來的。
在牛隻方面，除非是傳染病的流行，才會進行全面性的投藥，否則生病的牛隻，大部分都是個別治療。因此，當動物生病並給予投藥治療時，每天產出的乳品或蛋品就會有藥物殘留的發生，若畜主沒有特別將這些產品區分開來處理，這些含藥物的乳品或蛋品就可能會流向市場，造成食安的問題。
在畜牧法第九條規定，畜牧場應置獸醫師或有特約獸醫師，負責畜牧場之畜禽衛生管理。所以當牧場中的動物發生疾病時，應請獸醫師前往診治，並開立藥品處方箋，囑咐畜主依規定用藥並遵守停藥期的規定。在現場的實務中，造成畜產品藥物殘留的態樣主要可分為三大類型：分別是藥品的使用對象錯誤、畜主未遵守停藥期之規定及交叉汙染。
藥品使用對象錯誤包括有不可用於產食動物的藥品而用於產食動物，或是不能用在產蛋雞的藥品，卻用在產蛋雞，使得雞蛋中含有藥物。在現場也有許多畜主，在動物生病時，並未請獸醫師診治，而憑著自己的經驗法則判斷，隨意購買藥品私自添加或打電話請飼料廠直接添加藥品（如客戶自備藥），這些錯誤的用藥行為，也造成了畜產品藥物殘留的發生。由於藥品取得容易，除了藥品的濫用外，也可能造成部份畜主使用到原料藥或偽、禁藥，而這些藥品的殘留對健康的影響更大。
停藥期是指動物於上巿屠宰（榨乳）供人食用（飲用）之前，應該停止投藥，以確保肉中、乳品及蛋中藥物殘留合乎法定之濃度（殘留容許標準），此所應該停止投藥之期間稱為停藥期。停藥期的計算錯誤也是發生藥物殘留常見的現象之一。因此，畜主需要特別注意停藥期的算法，也必須確實遵守停藥期的規定。舉例來說，同時併用二種藥品，是要以較長停藥期的藥品做為停藥天數，停藥期的算法是要以該批動物吃完該批添加藥物的飼料後開始起算，而不是從加藥或進料的那天算起。
在現場的個案中，也有一些案例是飼料廠及飼料車輛在生產或運送過程中不慎造成的交叉污染，這個部分如要解決，則需要飼料廠設置不同的生產線，分別生產空白飼料(不添加藥品的飼料)及添加藥品的飼料，以及將這些運載的車輛分開管理，以避免交叉污染的問題發生。當然畜牧場內的飼料貯存桶及輸送管線的管理也很重要，要避免不是治療對象的動物，吃到添加藥品的飼料。
另外，在生產肉類的畜禽方面，對於經過多次治療且健康狀況較差的病弱動物，在淘汰上市前需要停止治療並給予較長的停藥期，如果這些動物搶著上市，這些動物的肉品，就變成藥物殘留的高風險群。
因此，要改善這些錯誤的用藥行為，減少藥物殘留問題的發生，可加強下列三項措施：一、畜主遵守動物生病時，請獸醫師前往診治並依藥品標籤、仿單及處方箋所記載用法、用量，正確使用相關藥品。二、加強動物用藥品的原料取得、製造、販售及使用等各項管理工作。三、畜主的細心管理。
動物用藥品管理法第三十二條之三：禽畜及水產養殖業者，使用有停藥期間限制之動物用藥品，其於停藥期間屆滿前所生產之禽畜、水產類、乳、蛋及其他供食用之產品不得出售供屠宰、加工或食用。所以對於這些淘汰的動物及有藥物殘留蛋品的處理，變成一個重要的工作，政府應該思考如何去協助農民處理這些畜產品，而不是期待農民自己去找出路。當農民找不到適合的處理方式時，就會冒險上市，最後還是危害到國人食的安全。
二、斃死畜禽的非法流用
在動物的飼養過程中，動物的死亡是無可避免的。因此，每個畜牧場都必須與化製場簽訂委託化製的合約，當有動物死亡時就必須委託集運業者將屍體送到化製場處理，如果有人將這些屍體再利用變成食材，就會造成食安問題。幾年前，只要每逢肉品需求量大的傳統節日來臨前，就會看到檢調單位與政府管理單位查獲病死豬非法流用的新聞，造成民眾對肉類食品安全的疑慮，而導致肉品的銷售量減少及價格下跌。但是這幾年來經過行政機關及檢調單位的努力下，斃死畜禽遭到非法流用的情形持續減少，這些努力值得肯定，但也必須持續落實斃死畜禽處理的各項管理及加強查緝工作，以確保肉品的衛生安全。
三、病原菌的汙染
乳品的製造過程中，都會經過殺菌處理的流程，只要操作及保存得當，一般較少發生病原菌汙染的情況。而蛋品的病原菌汙染以沙門氏菌及大腸桿菌的汙染較為常見，一般雞蛋所引起的細菌中毒，是以食用生雞蛋或未煮熟雞蛋或受細菌污染之蛋製品所造成。另外，今年這波的家禽流行性感冒疫情，大家也很關注禽肉及蛋品是否也會被禽流感病毒所污染，其實不管是禽肉或蛋品只要經過煮熟後食用，就沒有這方面的疑慮，但是要注意的是不要生食雞蛋或食用未煮熟的雞蛋，當然碰觸到這些屠體或雞蛋後，對於手部及相關刀具的清洗消毒也是很重要的。
因此，在雞蛋的生產過程中，雞蛋的燻蒸消毒是減少病原菌汙染很重要的工作，根據屏東科技大學連一洋教授的研究指出，使用二氧化氯燻蒸消毒後的禽蛋，可以大量減少蛋品表面的細菌。依現行的法令規定，禽蛋運出畜牧場前必須完成燻蒸消毒並檢附獸醫師所開立的燻蒸證明書。因此，只要養禽戶落實禽蛋燻蒸消毒的工作，就可減少因病原菌汙染所產生的食安問題。
生產健康安全的畜牧產品是所有農民的責任，自己所生產的畜禽產品，自己敢食用是基本的要求。政府除了在各項畜產品的抽樣檢測，為國人的食品安全把關外，也要對農民提供各項輔導及適當的協助，讓農民能夠做得到，也願意做，相信這樣就能生產出健康安全的畜禽產品。
四、對於畜牧產品生產與食安的建議如下：
(一)、將條碼管理系統應用於動物用藥品管理並落實獸醫師處方箋制度。應用條碼管理系統將所有的動物用藥品給予編碼，從原料取得、生產、成品、銷售及使用（獸醫師處方箋）均納入電腦管理，讓所有的藥品流向及使用清楚可查，阻斷農民不當取得藥品的管道，而達到不亂用藥，不濫用藥的目的，避免畜產品藥物殘留的發生。
(二)、建立蛋品溯源管理機制，以追蹤問題蛋品的來源，落實源頭管理工作。
(三)、對於有藥物殘留超標疑慮的蛋品，應建立適宜的處理方式，避免該類蛋品流入市場販售的機會。
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