今年民主進步黨贏得總統和立法院立法委員選舉的空前勝利，許多民眾想起了十六年前首度政黨輪替贏得總統大選的前總統陳水扁。八年執政興替，竟以陳水扁家族作風惹議以及貪瀆弊案，引發民怨與同志向背，導致謝長廷慘敗馬英九，本土政權難以為繼，黨國復辟，民主倒退。在當時人心惶惶、群龍無首之際，蔡英文臨危受命，異軍而起當選民進黨主席，帶領民進黨浴火重生，而下台後的陳水扁則捲入各種案件當中，陸續遭到收押與調查、起訴、審判。
由於陳水扁是卸任總統，他的整個司法偵審程序，在國內外都受到放大檢驗，引起諸多議論，他的獄中處遇，也被嚴格要求與庶民同一，而幾近苛刻和虐待，畢竟由國家元首地位一夕之間成為階下囚，身心狀態的轉換不易，難以適應，任憑陳水扁一開始以無比的戰鬥意志通過書寫渡過難關，最終仍然不堪折磨，傾圯倒下。
當我們看到臺灣之子被他的政敵們極盡能事地羞辱，國家用遠遠落後於國際文明標準的牢房，以法前平等為名，任由酷吏對待曾經是國家尊嚴與團結象徵的前總統，這種粗暴而欠缺人性溫暖的作法，表現的是中華民族主義政權對於臺灣民族主義領袖人物成王敗寇式地嫉恨和報復。
陳水扁所涉案件共十一件，其中四案判決有罪定讞，依〈刑法〉舊法合併，判處最高上限的二十年有期徒刑；兩案判決無罪確定；而仍在審理中的案件，根據臺中榮民總醫院和高雄長庚醫院的診斷鑑定報告，陳水扁有腦神經退化症，合併中度巴金森氏症候群、語言障礙、輕度失智症、重度睡眠呼吸中止症和嚴重憂鬱症等多重身體症狀，因病無法到庭，因此皆已停止審判。而隨著年齡的增加，陳水扁的身心退化，只會越來越嚴重，所以其餘各案的命運，大概就是不了了之了。而如果依〈赦免法〉第三條之規定，特赦對象僅限於「受罪刑宣告之人」，那麼只要陳水扁其餘各案判決未定讞，他就不可能獲得特赦。
判決有罪而在執行中的四案，分別為行政院國家科學委員會新竹科學工業園區收購達裕公司龍潭科技工業園區基地開發案，判十一年；第二次金融改革中之元大京華證券公司併復華金融控股公司案，十年；陳敏薰參選大華證券公司董事長收賄洗錢案，八年；及龍潭購地洗錢案，判兩年，合併應執行刑二十年。這四案的實際收賄者，都是吳淑珍，法院認為陳水扁對於吳淑珍收賄不可能不知情，因此存在共同正犯關係。而在收賄部份，如係基於影響政府決策之對價關係，則又構成貪污。
同情陳水扁者多以其間之金錢贈與性質為政治獻金而為其辯護，〈政治獻金法〉第五條規定：「得收受政治獻金者，以政黨、政治團體及擬參選人為限」，故而陳水扁夫婦皆無資格收受政治獻金，而以其政治資歷，又有福爾摩沙基金會和凱達格蘭基金會的運作經驗，不知政治獻金制度，殊不合理，只能說，吳淑珍本來就想將這些法外獻金納為己有，再做或公或私之用途。違反〈政治獻金法〉第五條而收受政治獻金者，按〈政治獻金法〉第二十七條規定，只處以其收受金額二倍之罰鍰，是行政罰而非刑罰，其行為固然具有社會非難性，但不為罪。
另一個爭議點是元大併購復華官股案、審理中的國泰金控併世華商業銀行案，以及龍潭購地案中，總統是否動用其法定職權而對財政部和國科會之決策有所左右，而使收受法外獻金之行為成為貪污。法院則以總統若針對個案親力親為，親身參與，而影響、干預或形成特定結果或內容，則其乃實際擁有遠超出其法定職權的實質影響力，而仍以〈貪污治罪條例〉的違背職務收賄罪加以定罪。前行政院祕書長林益世關於其貪污案，法院亦以實質影響力說將之議處。一般而言，除非總統有明確指示，否則政府各部門在其法定職權或行政裁量權範圍內，面對總統所代表的直接民意或政治力，那些文武官員，誰不買帳？
至於國務機要費貪污及洗錢案，雖纏訟至今，然依照馬英九市長特別費判決先例中之大水庫理論，即以首長個人公務支出是否高於特別費額度，認定有無實質貪污，加以〈會計法〉修正後將有關各級政府首長特別費及教育研究機構研究費核銷程序瑕疵予以補正與除罪，基於刑法謙抑、罪疑唯輕之精神，以及同一法律新舊適用之從輕原則，本文認為於今視之，認定該案貪污乃至偽造文書犯罪成立之可能性並不大。何況，總統職權行使本涉及高度之政治性，國務機要費的會計核銷，考量到總統職務的特性，本來就不應當太過拘泥於形式主義。
為企業或民眾協調事務，而接受饋贈或酬賞，乃至於如已過世的中國國民黨籍立法委員廖福本，傳言明碼標價服務的代辦酬勞，是臺灣惡質政治文化的一種現象，但在陳水扁出身的律師界實務，可能就不是什麼令人大驚小怪的事了。只是，作為總統，作為政府官員，有維持國家公信力和公平競爭秩序的責任，在無關於公益，甚至於有傷公益的領域，就根本不應當插手介入。陳水扁縱容吳淑珍利用總統實質影響力介入多項政商交易，而從中謀取協調之傭金，是他政治上最大的失誤，既破壞了法治，也傷害了市場秩序。為了保護吳淑珍，也因為已經被拖下了水，陳水扁只好跟著配合做出傷害民主法治和人民信賴的作為。這是陳水扁的悲劇，他也必須有所承擔。
陳水扁如今因身心問題而保外就醫，先前外界擔心在獄中的健康治療問題，實已獲得解決。只是，這些本質上為不法政治獻金的所謂收賄，以及本質上為偽造文書的國務機要費貪污案，究竟誰是被害人，是那些被迫行賄卻獲得企業厚利的科技廠商、金控公司嗎？還是因為沒有行賄而喪失成交機會的商人們？還是我們心目中臺灣之子應有的形象？或者，沒有具體的被害人，只是違背了法律賦與他的責任？
許多人期待蔡英文就任總統之後，會給予陳水扁特赦，事實上，我國並無免訴特赦制度，在〈赦免法〉修正之前，並不存在這一可能性，那是對蔡英文過多的要求。況且，馬英九一旦卸任總統，他也將面臨教唆檢察總長黃世銘非法監聽的究責，以及許多涉及圖利或貪瀆傳聞的司法和行政調查。同樣地，在現行〈赦免法〉修正之前，馬英九恐也難於免除司法偵查和訴追。〈赦免法〉也有許多問題，但顯然地，該法修正之時機，涉及對兩位卸任總統的法律行動，因而具有高度的政治性，需要新國會從長計議，好好思考。
