SARS是台灣公衛史上最不可承受之輕，真正疫情席捲台灣的時間只有短短2、3個月，但造成整體社會人民心理的緊張與恐慌程度極大，連帶快速改變的人民生活、消費與人際往來的層面十分廣泛。
根據中央研究院社會研究所日後公布的研究顯示，SARS讓台灣社會消費減少233億元、財務損失162億，估算總計約395億元損失，還不包括其他間接的房價、外銷等折損。當然，更不用說，還有80多條生命隕落、數百家庭受創等無法以數據衡量出的代價。
數百億的財務，付之流水：近百條人命，無法換回；數百家庭心碎，無法黏和。這慘痛的血與淚代價，為台灣留下了什麼教訓與變革？
南台科技大學生物科技系講座教授、前疾管局長蘇益仁(右圖，蘇益仁提供)表示，SARS之後，他把台灣防疫體系和法規重新建立，第一個就是修改防疫法規，加強組織，全台分六區、共六個指揮中心，和醫院和防疫體系結合，晉用30位防疫醫師和17名博士級專家，這與原本CDC內849個員工、只有7位醫生背景相去甚遠。蘇益仁說，新加坡和香港CDC內有3分之1到2分之1都是醫生，反觀台灣卻是嚴重不足，為了補強，他把薪水拉高，讓很多人不願到政府單位工作的醫生和博士進來，過去薪水只有7萬元，提高到15萬元以上，和法官、檢察官差不多的薪水，才形成誘因。
台大醫學院院長張上淳(左圖，黃謙賢攝)指出，後來也建立傳染病防治醫療網，分區都有指揮官、緊急應變醫院和應變計畫（如防疫動線、什麼時候啟動），平常也要做整備或演練，「這些從SARS之後就一直有的。」而不只是應變醫院，剛開始也要求其他醫院也都要有應變計畫，假設應變醫院沒辦法應付的時候，普通醫院也可能收治到病患，所以需要有應變計畫。譬如和平醫院失控的原因便是，當時院內無論發燒或肺炎的病人、甚至醫護人員四處走動，把病毒「帶著走」，最終讓全院都成疫區。
時任抗煞指揮中心副總指揮官的黃富源指出，現在院內感染管控有一套作業標準，譬如流線的管制路線，疑似感染症的病人，在院內移動時，如照胃鏡、大腸鏡檢查等，都有一條專門的路線，其他病人或人員不能走。
疾管署長郭旭崧認為，SARS給了台灣許多血淚教訓，也確實補強了防疫體系，例如當年李明亮擔任抗煞總指揮官，根本沒有法源，突被授命，也不必到立院備詢，只要對當時的總統和行政院長負責，「雖然這樣很有彈性、可全心抗煞」，不過很多立委哇哇叫「怎麼可以從外面抓一個人進來、不被監督」。
於是在SARS之後，修訂《傳染病防治法》第17條：「中央主管機關經考量國內、外流行疫情嚴重程度，認有統籌各種資源、設備及整合相關機關(構)人員之必要時，得報請行政院同意成立中央流行疫情指揮中心，並指定人員擔任指揮官，統一指揮、督導及協調各級政府機關、公營事業、後備軍人組織、民間團體執行防疫工作；必要時，得協調國軍支援。」
SARS期間，中央與地方意見不合情況屢見、初期多頭馬車，防疫步調不一、政治凌駕了專業，也是引爆最後疫情一發不可收拾的關鍵。
郭旭崧說，《傳染病防治》修訂後，第75條規定：「本法所定地方主管機關應辦理事項，地方主管機關未予辦理者，中央主管機關得命其於一定期限內辦理之；屆期仍未辦理者，中央主管機關得代為執行之。但情況急迫時，得逕予代為執行。」
CDC成立指揮中心時，被賦予更大權限，有點像進入國家緊急狀況，政府可以徵召人力物力廠商醫院，並給予被徵召者補償。同時，中央有權要求地方執行，假如不做，中央可代行之，也即「接管條文」。
不過，蘇益仁認為，當時完善建立的防疾體系，10年後再來看「又破洞了」，以這兩年高雄和台南的登革熱的疫情來說，防疫的老毛病又犯了。「高雄和台南登革熱，CDC都沒有成立指揮中心，兩年前高雄有15000病例，台南去年22000多例，高雄也是2萬多例，這很嚴重！」
直至蘇益仁和其它幾位防疫專家登高一呼，行政院長張善政才成立疫情指揮中心，蘇益仁痛批「疫情是由CDC要負責，不單是地方政府的工作」，如果沒有這個觀念，就算法令很好，上面領導者不動作，那就動不了，形同虛設。
如果可以做一項研究比較，SARS最大的「毒性」或許不一定在病毒本身、而是其帶來的「恐慌效應」。
郭旭崧以自身為例，「我也是SARS恐慌症的受害者！」原來他的父親形同是「SARS間接害死的」。郭父罹患大腸癌症，2003年4月本來該複診，就因為SARS不敢上醫院，拖到年底才去複診，中間少了兩次定檢，去檢查已擴散，因為恐慌造成的傷害無法估算。
張上淳指出，他們在一起開始的時候就充分地把所有事情跟院內的人告知了。剛開始患病夫妻倆住進加護病房來的時候就有清楚地跟醫護們說明病人的狀況、需要做什麼樣的防護，且第一時間點就啟動進出都要戴N95口罩、都要穿防護，還要登記進出的時間，有任何狀況都要通報。
不只民眾會因恐懼而受害，當時最直接衝擊的是第一線照顧病人的醫護，也會有信心危機。
張上淳認為，台大一開始把疫情「收」很好，因為第一時間就讓「資訊透明」，告知院內相關醫護，已收治了SARS病人，照護病人該採取什麼樣的保護措施，「這樣才不讓醫護人員因為疏於保護自己而受感染」，同時也向醫護保證會監測他們健康的狀況。
張上淳說，「這過去從來沒有發生過，但我們幾乎是第一天就決定要這樣做了。」後來很快地，其他各醫院也開始採行台大醫院這樣的作法。
對傳媒和公眾的資訊公布，也讓這些防疫大將體悟到，與其臆測讓錯誤資訊流竄影響民心、不如「說清楚」。張上淳舉例，起初很多媒體都不相信台大疫情在掌控中，認為一定是有什麼疏漏隱藏不說，比如負壓隔離病房不標準、會漏氣，不然為什麼新加坡、多倫多都有那麼多院內感染，台大醫院怎麼會沒有？「所以當時，台大出現第一個內科醫師因插管時、口罩未密合而感染，我們就主動開一個記者會，馬上公開告訴外界我們有這樣一個個案、他是怎麼感染的。好像後來才能夠讓媒體信任。」
SARS疫情最熾烈的時候，防疫專家們也破天荒上電視宣導，每天3次、每次5分鐘的「防疫最前線」，創下少數電視聯播政府衛教宣導影片紀錄，名醫變名嘴，效果不錯。當時有線電視調查，有近九成民眾看過影片、滿意度也達八成。黃富源(右圖，黃謙賢攝)提起，這個點子是當時新聞局長葉國興向熜統陳水扁建議的，「這個效果很強大，我這一生最常走在路上被民眾認出，就是這個時候了。」因此黃富源認為，愈重大的疫情，確實需要做到資訊更透明，才能減少因臆測引發不必要的恐懼。
SARS期間，幾乎全民變成蒙面俠，那是一種防衛，也可能是一種害怕。但自此之後，口罩的使用在台灣愈來愈「著時」。
台灣在SARS防疫工作上，雖然情況看起來一度很危急，但28天從WHO旅遊警戒區除名，比起香港52天、中國的63天，成績不錯。雖然最後46天才由疫區除名，是因政治力介入，硬把台灣畫為中國疫區所致。
能夠快速把疫區由險些全面失控到控制下來。張上淳認為，主要是瞭解了病毒的特性，發現SARS是發燒後才會傳染的，抓住這個特性去防疫，全民量體溫進行發燒篩檢，「當時很多大樓都設體溫測量儀，進每一棟大樓都要被量體溫，量完以後貼一個標誌貼紙，禮拜一貼1、禮拜二貼2…。這也顯示，台灣民眾衛教接受與行動能力很強，所以全民的配合也是疫情控制最大的利器。」
流感季節全民戴口罩已成國人基本衛教習慣。(黃筱珮攝)
張上淳說，現在民眾防疫意識提高了，時時刻刻也都看到很多人知道要戴口罩了。醫護同仁也被建議看診的時候都要戴口罩，特別是看有發燒、有呼吸道症狀的病人，還是戴著口罩是比較安全的，SARS之前只有耳鼻喉科醫師有戴，現在是全院很多醫師都會戴。「因為你在看門診、治療病人的時候，病人什麼症狀你都不知道，等看到了再戴口罩就來不及了。」
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