立法院長蘇嘉全日前倡議全台灣17個農田水利會，應由現行財團法人「公法人」，改制為政府公務機關，引起各農田水利會長不同看法，基本上是大型且富有的水利會主張維持現狀，而小型財務狀況較差的水利會，則贊成改制為公務機關。持平而論，水利會改制為公務機關，也是「轉型正義」的一部分，早就該實施了，新政府和新立法院，應該早日修法付諸實行。
水利會和農會一樣，都是從日治時代沿留下來服務農民丶農村的農政組織，對農業經營也有一定程度的貢獻。但是，二戰後尤其1949年國府自中國敗戰退台後，對於這兩個原屬農民團體的組織，控制日益嚴密，居然將之「質變」為國民黨在各種選舉最重要的「樁腳」，在長久期間，全台灣的水利會長和近300個農會總幹事，清一色全部為國民黨員，當然在各種選舉中，各農會丶水利會就是國民黨動員最有力的基層組織，外加鄕鎮市公所，形成國民黨政治選舉的「鐵三角」，也是戒嚴時期，國民黨能長期一黨獨大威權統治全台的「法寶」。
然而在解嚴後，國民黨對地方「鐵三角」控制力日益減弱之後，國民黨的絕對威權統治基礎，開始動搖，在2000年才有第一次政黨輪替，但立法院還是牢牢掌控在國民黨藍營手中，扁政府施政或改革寸歩難行，直到今年2016年，政黨第三次輪替，立法院也由綠營掌握多數，才能算真正的「政權更替」。
話説當年，國民黨嚴密掌控下的水利會和農會，既然是國民黨掌控選舉的「馬前卒」，其中自是「有利可圖」才甘心效勞，於是形成同黨地方派系爭奪的標的。早先水利會和農會都是由會員「間接選舉」會員代表，再由代表選舉理監事或會長，農會由理事會聘總幹事，水利會則由會長統攝會務。在各選舉階段中，鈔票滿天飛，價碼比一般政治選舉高出許多，也有「綁人」丶「集體出遊」荒唐戲碼一再上演，黑道公然介入，同樣把戲也常出現在縣市議會正副議長選舉中，台灣長久在「黑金」政治中浸淫，至今未能完全根絶，例如台南市議長李全教賄選案，就是活生生的例子。
早期水利會和農會掌控權的爭奪，幾乎全部是國民黨內的䦧牆之爭，但在國民黨控制力鬆動後，綠營或無黨籍人士得以有機會參與競爭，就不再是清一色由國民黨員擔任會長或總幹事了。這也是綠色政治版圖由台灣最南端逐漸向北蔓延的因素之一，現在立委選舉已囊括濁水溪以南全部和東部，然水利會和農會，一如縣的鄉鎮市長，還是多數由國民黨掌控中。
民進黨既然「全面執政」，對於數十年來讓其在各種選舉吃盡苦頭的水利會丶農會和縣的鄉鎮市公所，當然會想有所「組織變革」之考慮。首先是17個水利會，一年接受政府60億元補助，但因屬財團法人的公法人，政府主管單位要轍底監督並不是那麼容易，尤其像都市型台北瑠公水利會，幾乎已無實際農田水利服務工作，但它擁有大量寸土寸金的都市土地，資產在千億元以上，向來是國民黨的「禁臠」，安排高級黨工退休「酬庸」的好地方。又如台中丶彰化丶嘉南農田水利會，也都仍是國民黨「地盤」，叫民進黨政府每年拿鉅款補助壯大其勢力，怎堪心平氣和？而農田水利會在早期是靠向農民收「水租～會員會費」維生，後來在卅年前接受半數補助，到後來政府廢除「水租」，每年全額補助60億元給水利會，維持會務及水利工程建設各半，但又維持「公法人」人民團體身份，水利會又可控制「水權」，的確是奇怪體制，難怪綠色新政府要動腦筋修法來處理。
但由於17個水利會，都要在八月下旬改選會長，會長一經選任，是有任期制的，所以「改制」為公務機關，會長改由官派，有其急迫性，而修法是要由立法院修正「農田水利會組織通則」，其中牽涉「冷凍協商期」1個月，修法顯得非常倉促，所以蘇嘉全院長才會在日前一項座談會中，透露近期會將水利會組織通則修正案，排入院會議程處理。
至於農會改革重點，在於將現行農會總幹事由理事會遴聘，改為會員直選，可減少理監事會不當干預介入。此牽涉到農會法的修法，還不具緊迫性，但必將朝此方向變革。而縣份的鄕鎮市長民選改由官派，讓縣和6都及三省轄市一樣，都成為行政二級制，鄕鎮市改為區，區長由縣巿長官派，其中牽涉「地方制度法」修正，由於本屆鄕鎮市長任期尚有將近3年，且是否3年後就實施官派，執政黨內部也尚未完全達成共識，故此項修法會延後再議，目前之急，在於速修法將農田水利會改制為公務機關，會長改為官派，勢在必行。
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