中華民國勞動部於3月12日正式公告9月起住院醫師將納入勞基法，外界擔心，若住院醫師工時設下上限，恐怕影響病人就醫權，臺北市醫師職業工會指出，住院醫師納入勞基法以後，若超過正常工時則必須由醫院給付醫師加班費，否則必須改善排班制度，醫師若能準時下班，好好休息，才是病人之福。
不過，勞動部卻將公立醫院的住院醫師排除在勞基法之外，但臺大醫院、臺北榮民總醫院、國立成功大學醫學院附設醫院等公立大型教學醫院收訓全台灣將近4成的住院醫師，使這些公立醫院住院醫師成為權益孤兒。
臺北市醫師職業工會秘書廖郁雯指出，雖然勞動部宣稱公立醫院住院醫師已有公務人員法令保障，但實際上沒有工時上限、領不到加班費、與醫院簽訂的契約不受法令約束。未來如果真的「一國兩制」，恐怕造成公立醫院勞動條件更形低落，負擔重要醫療責任的醫學中心竟成權益死角。
臺北市醫師職業工會調查發現，許多教學醫院開始試行打卡制度，為適用勞基法做準備。但勞動部迄今尚未透露工時上限數字、加班費如何計算，讓醫院管理者紛紛抱怨無所適從。
在主治醫師方面，中華民國衛生福利部改擬修醫療法，增訂「醫師勞動權益保障」專章，而且會依照目前住院醫師的每周80小時的工時為基準，但就有醫師預言，一旦上路，病人想看名醫的門診、想讓名醫開刀，難度更高，恐怕衝擊民眾就醫權益。
台灣醫療改革基金會副執行長朱顯光指出，上路後外科醫師上刀如果時間過長，醫院可能必須準備另1組醫療團隊，這勢必增加成本，為了省錢，可能減少開刀台數。
衛福部強調，將召開會議與專家學者進一步討論，究竟要如何在醫師權益與病人之間取得平衡，這將成為主管機關的一大課題。
