日本時間13日晚間9點19分（台灣時間8點19分）於日本宮崎縣觀測到規模6.9強震，日本氣象廳隨後在9點55分發布「南海海槽地震臨時情報（資訊）」。會議結論為「 調查終了」，意思是未達發布「南海海槽大地震臨時資訊」標準，相關地區居民可維持日常生活，另外海嘯警報凌晨零時左右也全面解除。
這起規模6.9強震，震央在宮崎縣外海的日向灘，地震深度30公里，最大震度5弱。日本氣象廳隨後發布「南海海槽地震臨時情報」，晚間10點30分召開由專家組成的地震評估檢討會，詳細分析觀測的資訊，評估這起地震是否與南海海槽地震有關。
發布「南海海槽地震臨時情報」是日本於2019年5月開始運用的新制，在假設震央區發生規模6.8以上的地震，地震板塊交界出現異常的「緩慢位移」等情況的話，日本氣象廳就公布臨時情報「調查中」的資訊。
日本氣象廳13日晚間9點29分對宮崎縣、高知縣發布「海嘯注意報」（預估海嘯高度0.2公尺以上、1公尺以下情況），預估高知縣海嘯高度1公尺高、宮崎縣海嘯高度1公尺高。日本氣象廳呼籲民眾不要靠近已被發布「海嘯注意報」地區的海岸、河川。
宮崎港於13日晚間9點48分觀測到海嘯20公分高；宮崎日南市油津港13日晚間10點4分觀測到海嘯20公分高；高知縣室戶13日晚間10點17分觀測到海嘯10公分高、高知縣土佐清水13日晚間10點21分觀測到海嘯10公分高。日本氣象廳表示，實際上發生的海嘯高度可能比觀測到的高度還高。
