魚菜共生（aquaponics）這個詞是在1970年代所創造出來的，但是這樣的系統操作方式其實並非新觀念，在人類歷史上早從西元前1400年就有跡可尋了⋯⋯
《阿茲提克・浮筏植栽》
3000年前，位於南美洲（現今墨西哥地區）的阿茲提克印地安人發現水中有豐富的養分，因此發展出人工浮島的耕作法，被視為當代魚菜共生系統的雛型。浮筏耕作法是一種連結運河及人造固定小島的系統，農民撐船在小島間穿梭，在小島上進行蔬果種植，而蔬果的養分則來自流經附近城市的運河和泥巴。
《唐朝・稻魚共生》
2005年聯合國將浙江青田地區獨特的「稻魚共生系統」訂定為世界農業遺產。稻魚共生在中國已有數千年歷史，相傳起源於早期農民引溪水灌溉農田，魚苗自然地在田中孵化，久而久之形成了共生系統，並維持至今。
這些田裡的魚除了會吃農民投擲的飼料，也會吃昆蟲、雜草，這使得農民得以不費工夫地完成除草、除蟲的工作，且魚在覓食的過程中會翻鬆土壤，牠們的糞便亦會形成天然肥料，更能使農民在穀物生產之外，增加額外的效益。
如果你現在到浙江省青田縣的餐館吃飯，告訴服務生要吃「田魚」，那麼你就是內行的老饕！因為田魚是放生在水稻田裡利用魚菜共生原理自然長大的鯉魚，肉質鮮美無土味。
《明末清初・桑基魚塘》
桑基魚塘是明清時中國華南地區的水鄉人民在土地利用方面的創造，他們將低窪地挖深變成水塘，再將挖出的泥堆放在水塘四周，成為地基，基、塘的比例為六比四，基上種桑、塘中養魚、桑葉用來餵蠶，蠶的排泄物（蠶砂）用以飼魚，而魚塘中的塘泥再取上來作為桑樹的肥料。通過這樣的循環，能產出四種經濟作物：魚、桑椹、蠶絲、蠶砂（中藥材），不論在生態上或經濟上皆取得了極高效益。因此被視為是中國建立生態農業的開端。
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