事件發生於4/3下午2點，嘉義縣警察局竹崎分局接獲民眾通報，位於竹崎偏遠山區傳出明顯爆炸聲響。
警方立即派遣警力會同消防局前往現場處理，發現爆炸地點為一處廢棄的國小校園。現場照片顯示，教室窗框被完全炸飛，磚塊四處散落，現場滿目瘡痍，顯示爆炸威力相當驚人。
鑑識小組與消防局火災調查科進行現場勘驗後，確認此為人為蓄意破壞案件，現場殘留明顯的爆裂物引爆痕跡。
警方隨即展開調查，透過訪查周邊住戶並擴大調閱監視器畫面，成功鎖定兩名嫌疑犯身份。
警方於4上午11點，分別在嘉義市及高雄市將涉案的余姓、周姓兩名大學生拘獲，並起獲相關製造爆裂物的證物。
經初步調查，周姓嫌犯為國立嘉義大學機電工程學系學生，余姓嫌犯則就讀於國立中山大學。兩人皆為高雄人，且為同一所高中的同學，畢業後分別考上理工相關科系。
據了解，兩人畢業後曾討論以硝酸銨等化學物質製作火藥的可行性，並於四月三日前往這處廢棄多年的國小校園進行兩次試爆實驗，試爆完成後隨即離開現場。
兩名嫌疑人被移送嘉義地檢署複訊後，檢方依據槍砲彈藥刀械管制條例之非法製造爆裂物罪，以及刑法準放火罪，向嘉義地方法院聲請羈押。
法官於訊問過程中發現，余姓嫌犯完全坦承犯行，然而周姓嫌犯僅承認製造爆裂物及炸毀國小門窗的客觀行為。
考量兩人說法存在出入，且多次製造爆裂物並進行兩次引爆，所製造爆裂物的數量及重量均非輕微，法院最終裁定兩人羈押禁見。中山大學針對余姓學生涉案一事發表聲明，表示學校已掌握相關情況，對於個案行為深表遺憾並嚴正看待，將全力配合警方與司法單位進行調查。
基於偵查不公開原則，校方表示相關細節不便對外說明，但已同步啟動校內安全檢視機制，並將加強學生輔導與法治教育，確保校園安全。
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