先前美國官員、國會議員及專家學者曾多次表達對我國後備戰力的關切，認為應加速提升後備部隊的戰力、縮短與現役部隊的差距。據軍方人士表示，目前隸屬全民防衛動員署後備指揮部下轄，全國的18縣市、20個後備旅，未來將於2026年1月1日全數移編陸軍，並以納入各作戰區的方式，接受陸軍的任務指揮、訓練及調派。
據《自由時報》報導，軍方人士認為，各作戰區納編後備部隊後，將能有效縮小現役與後備部隊之間的訓練與裝備差距，有助於戰時戰力的統籌與靈活運用。
國軍後備部隊的隸屬及指揮權近年來經歷多次變動。國防部於2023年新成立全民防衛動員署後，將原本由後備指揮部指揮的18個縣市後備旅，全部移編全動署管轄；但是僅維持了半年，國防部又將後備指揮部與下轄後備旅移編陸軍。
2025年2月1日，國防部再次宣布，將後備指揮部及18個縣市的後備旅回歸全動署管轄。然而政策不斷改變，全國的後備旅又將自明年1月起再度移編作戰區。由於作戰區是由陸軍的第6、10、8軍團及澎湖、花東防衛指揮部兼任，實質上等同於後備旅又移編回陸軍。
目前後備指揮部下轄北、中、南3個地區後備指揮部，共編制18個縣市的20個後備旅，除了台中市、高雄市各編有2個後備旅外，其他縣市都是編制1個後備旅。此外，北、中、南3區還編制後備部隊訓練中心，金、馬兩地則設有後備服務中心。
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