台南三爺溪與嘉義北港溪長期被列為嚴重汙染河段，主要汙染源來自家庭廢水與畜牧業排放。台南市環保局透過加嚴銅放流水標準與專案稽查，已使三爺溪氨氮濃度下降63%，但家庭廢汙水仍需仰賴汙水下水道接管處理。長榮大學河川保育中心主任洪慶宜強調，河川治理需政府與民間共同努力，才能真正改善水質。
環保單位每月定期前往河川進行水質採樣，檢測人員先測量河寬，若超過6米則需進行左中右三點採樣。測量水深後，因水深小於50公分，改以採樣桶進行採集，依據不同檢測項目分裝，包含氨氮、大腸桿菌等共七項數值，藉此觀察水質變化。
二仁溪支流整治中 下水道接管成關鍵
三爺溪是二仁溪的主要支流，因沿岸工業與民生汙水排放，導致下游五空橋河段長期成為嚴重汙染測站。台南市政府環境保護局科長陳柏均表示，二仁溪過去被稱為「黑龍江」，三爺溪主要汙染來源有70%來自住家，15%至20%來自工廠。針對金屬銅偏高與氨氮偏高的問題，環保局已推動總量管制，對銅加嚴管制，明年也將針對氨氮進行加嚴管制。
三爺溪污染改善見效 生活汙水仍占最大宗
洪慶宜指出，流入三爺溪的汙水還包含歸仁與關廟的生活汙水，這些區域目前尚未建設公共汙水下水道，應進一步將汙水接到仁德汙水處理廠。他長年關注二仁溪水質變化，也是二仁溪河川巡守隊成員，強調治水除了政府對策，也需民間協助把關。洪慶宜鼓勵民間認養住家、團體或學校周圍的河段，若發現河川異常或偷倒情形，可通報政府處理。
同樣被列為嚴重汙染的北港溪，其支流三疊溪也面臨類似困境。嘉義縣溪口鄉溪北村村長張躍達表示，三疊溪的汙染嚴重到踩下去腳會發臭，洗到隔天還有味道。當地鹹菜製造過程產生的鹹水，以及畜牧場汙水，都直接排入河道，多種汙染匯集流向北港溪。張躍達強調，儘管業者聲稱有做汙水處理，但排出來的水依舊髒汙。
三疊溪周邊是主要畜牧產區，汙水排放導致北港溪RPI值維持在嚴重汙染程度，不僅發出惡臭，也影響水稻灌溉區，農地上肉眼可見灰黑色油垢覆蓋，附近居民長年與惡臭為鄰。
台南社大環境小組研究員晁瑞光表示，台南將軍溪的有機汙染也很嚴重，最嚴重時會有豬糞臭味與化學刺鼻味道。他認為，與10年、20年前相比，河川水質已改善許多，但畜牧廢水汙染仍需更進步，希望未來能在上游進行截流，並推動沼氣發電等處理方式。
洪慶宜強調，河川不是只有沒有汙染就好，民眾期待的是能有綠道散步休閒，讓水域呈現生物多樣性。治水沒有捷徑，唯有落實源頭管制，才能真正撕掉黑水汙名。
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