林業保育署花蓮分署監測數據顯示，截至16日上午9時，萬里溪堰塞湖蓄水量達493.48萬噸，約占總庫容量510萬立方公尺的96.76%，水位高程1084.96公尺，距離溢流警戒水位1086公尺僅剩1公尺，相當於低於一般成人身高。

中央災害應變中心16日上午9時召開第二次工作會報，由行政院政委季連成主持，氣象署、農業部、經濟部、內政部、衛福部、交通部、國防部、花蓮縣政府、鳳林鎮公所及萬榮鄉公所等單位依序報告最新情況。

林業保育署花蓮分署長黃群策在簡報中指出，氣象署預估集水區今明兩天雨量不高，壩體目前狀態穩定且無內部沖蝕跡象，研判將以蓄滿溢流為主要模式。根據中華防災協會水位監測資料，入庫量已從每小時0.72萬噸略降至0.62萬噸，顯示進水量呈現趨緩態勢。

黃群策表示，依據最新數據推估，堰塞湖將於17日凌晨2時達溢流前12小時警戒值，可能溢流時間為17日下午2時，較先前預估時間有所延後。壩體雖有滲水增加現象，但尚無破壞跡象，持續以空拍方式密切監測。

季連成會中裁示，評估萬里溪堰塞湖進水量減少且趨緩，原定17日凌晨2時達紅色警戒發布標準，但為提供垂直避難者充足的撤離時間，決定提前於16日下午3時發布紅色警戒。季連成強調，由於紅色警戒發布時間落在半夜，原則上希望在入夜前發布，以利最後確認居民是否全數撤離。

季連成同時指示，紅色警戒發布時，地方政府須同步發放海嘯防空警報，透過警報、廣播等各種方式通知民眾。軍方人員將協助鄉鎮公所前往保全戶逐一巡查，確認撤離狀況，避免民眾返家取物，並要求申請垂直避難的民眾確實前往住宅二樓以上。萬里溪河道必須維持淨空狀態，禁止人員機具進入。

下游警戒區鳳林鎮及萬榮鄉公所已於15日下午完成預防性撤離作業，共撤離約210名保全戶。鳳林鎮撤離44戶102人，目前收容28人；萬榮鄉於15日上午10時撤離萬榮、西寶部落村民約111人。兩處收容所已預備5天物資，紅色警戒發布後將配合封閉箭瑛大橋、中興大橋及西寶大橋。

季連成表示，依據目前監測推估多種情境，此次堰塞湖也許不會造成大規模潰決，可能將成為常態性溢流。由於無法精確掌握何時會發生大規模潰決，花蓮三級應變中心將持續維持運作，萬里溪河床設定為警戒區保持淨空。縣政府須思考長時間三級開設的可能性，農田灌溉部分則評估休耕，由政府提供補助。

去年12月花蓮馬太鞍溪上游堰塞湖溢流，曾重創下游光復鄉，造成居民無家可歸。此次萬里溪堰塞湖面臨相同情況，相關單位超前部署，務求避免憾事再度發生。

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